Sengketa bermula ketika Direktur Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas Pajak Masukan PT MGT yang dikreditkan melalui kantor pusat di Karanganyar. Koreksi didasarkan pada argumen bahwa transaksi tersebut dilakukan untuk kepentingan operasional kantor cabang di Jakarta yang tidak memiliki izin pemusatan PPN, sehingga dianggap melanggar ketentuan formal dan material pengisian Faktur Pajak. DJP memandang bahwa setiap kantor yang tidak terpusat harus mengelola administrasi PPN-nya sendiri-sendiri secara terpisah.
Inti konflik terletak pada interpretasi terhadap Pasal 13 ayat (9) UU PPN terkait persyaratan material Faktur Pajak. DJP bersikeras bahwa penolakan izin pemusatan (Surat Nomor S-2377/WPJ.32/2018) mewajibkan PT MGT menggunakan NPWP Cabang untuk transaksi di Jakarta. Sebaliknya, PT MGT menyanggah dengan bukti kuat bahwa kantor Jakarta hanyalah liaison office tanpa aktivitas penyerahan BKP/JKP, di mana seluruh kendali ekonomi dan pembayaran dilakukan secara terpusat oleh pabrik di Karanganyar.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi dengan mengedepankan substansi ekonomi (substance over form). Hakim mempertimbangkan bahwa Faktur Pajak Masukan tetap sah karena identitas pembeli (Pusat) dan alamat transaksi (Cabang) masih dalam satu kesatuan entitas hukum yang sama. Pengkreditan oleh Pusat atas biaya operasional pendukung di Jakarta dinyatakan sah karena pajak tersebut nyata telah dibayar dan tidak menimbulkan kerugian pada penerimaan negara, mengingat tidak ada pajak ganda yang dikreditkan.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa penolakan formal administrasi pemusatan PPN tidak serta merta menggugurkan hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan selama dapat dibuktikan secara material bahwa perolehan tersebut terkait dengan kegiatan usaha. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa substansi transaksi dan ketiadaan kerugian negara merupakan faktor krusial dalam memutus sengketa pengkreditan pajak yang bersifat administratif-lokasional.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini