Sengketa perpajakan antara BUT FEC dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) memunculkan isu krusial mengenai batasan definisi jasa angkutan udara internasional yang dibebaskan dari PPN dibandingkan dengan jasa kurir atau logistik terpadu. Inti konflik berpusat pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN senilai Rp31,9 miliar untuk Masa Pajak Desember 2016, di mana DJP mengklasifikasikan kegiatan BUT FEC sebagai jasa kurir yang wajib memungut PPN, sementara Wajib Pajak bersikukuh bahwa aktivitasnya merupakan jasa angkutan udara internasional murni yang bukan merupakan objek PPN berdasarkan Pasal 4A ayat (3) huruf j UU PPN.
Dalam persidangan, DJP mendalilkan bahwa berdasarkan dokumen Global Service Program Contract (GSP) dengan mitra lokal, BUT FEC tidak sekadar melakukan pengangkutan port-to-port, melainkan mengendalikan seluruh ekosistem pengiriman ekspres dari pintu ke pintu (door-to-door). Integrasi sistem informasi, penggunaan merek dagang FE, dan keterlibatan aktif dalam penentuan tarif pengiriman menjadi bukti bahwa entitas ini menjalankan fungsi penyedia jasa kurir. Sebaliknya, BUT FEC berargumen bahwa sebagai kantor perwakilan maskapai penerbangan Amerika Serikat, fungsinya terbatas pada operasional pesawat dan perizinan penerbangan, sehingga sesuai Pasal 9 P3B Indonesia-AS, hak pemajakannya berada di negara domisili.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan pendapat hukum yang tegas dengan menolak argumen BUT FEC. Hakim menilai bahwa operasional BUT FEC di Indonesia merupakan bagian integral dari bisnis pengiriman ekspres global yang kompleks. Fakta bahwa BUT FEC menyediakan layanan pelacakan barang (tracking) dan sistem yang terintegrasi secara real-time menunjukkan bahwa jasa yang diberikan melampaui sekadar angkutan udara niaga. Oleh karena aktivitas tersebut mencakup elemen jasa logistik dan kurir, Majelis berkesimpulan bahwa fasilitas non-objek pajak untuk angkutan udara tidak dapat diterapkan secara parsial.
Putusan ini menegaskan bahwa label "maskapai penerbangan" tidak otomatis memberikan proteksi pajak jika fakta di lapangan menunjukkan adanya aktivitas jasa kurir terpadu. WP harus memastikan pemisahan dokumentasi yang jelas antara jasa angkutan murni dan jasa tambahan lainnya. Kegagalan dalam membuktikan batasan aktivitas ini dapat menyebabkan seluruh nilai peredaran usaha dianggap sebagai objek PPN, yang secara finansial berdampak pada beban pajak yang tidak terduga.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini