Sengketa ini bermula dari koreksi Terbanding atas objek Branch Profit Tax (BPT) PPh Pasal 26 ayat (4) terhadap BUT FEC yang bersumber dari penghasilan atas integrasi logistik global. Fokus utama perselisihan adalah kualifikasi jenis penghasilan (characterization of income) dan penentuan hak pemajakan berdasarkan Perjanjian Penghindaran Pajak Berganda (P3B) Indonesia-Amerika Serikat, khususnya Pasal 9 tentang Shipping and Air Transport.
Terbanding mendalilkan bahwa BUT FEC tidak semata-mata menjalankan jasa transportasi udara internasional (port-to-port), melainkan terlibat aktif dalam bisnis kurir terintegrasi (door-to-door) melalui skema Global Service Program (GSP) dengan PT Repex Perdana International. Di sisi lain, Wajib Pajak bersikeras bahwa kapasitasnya hanyalah sebagai penyedia ruang angkut udara internasional yang seharusnya dibebaskan dari pajak di Indonesia berdasarkan Pasal 9 P3B, mengingat statusnya sebagai maskapai yang diakui otoritas penerbangan internasional.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengedepankan fakta bahwa operasional BUT FEC mencakup penyediaan sistem pelacakan canggih, perangkat lunak eksklusif, hingga kontrol atas standar pelayanan kurir di Indonesia. Hal ini menunjukkan adanya keterlibatan substansial dalam rantai pasok logistik yang melampaui batasan jasa transportasi udara murni. Akibatnya, penghasilan tersebut tidak dapat dikategorikan sebagai laba dari pengoperasian pesawat udara di jalur internasional sebagaimana dimaksud dalam Pasal 9 P3B, melainkan laba usaha (Business Profits) yang melekat pada BUT di Indonesia.
Putusan ini menegaskan bahwa label formal sebagai perusahaan maskapai tidak otomatis memberikan hak pembebasan pajak jika substansi ekonominya menunjukkan aktivitas bisnis lain yang lebih luas. Implikasinya, perusahaan multinasional harus sangat berhati-hati dalam menstrukturkan perjanjian kerja sama dengan mitra lokal agar tidak mendistorsi karakter penghasilan yang telah diatur dalam tax treaty. Kemenangan Terbanding ini memperkuat posisi otoritas pajak dalam menerapkan prinsip substance over form untuk mengamankan basis pemajakan atas BUT di Indonesia.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini