Regulasi Perpajakan Indonesia menegaskan bahwa penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) dari Gudang Berikat ke Kawasan Berikat berhak atas perlakuan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) Tidak Dipungut, sebuah fasilitas yang esensial untuk mendukung industri berorientasi ekspor. Dalam sengketa krusial yang diputus melalui Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-002287.16/2019/PP/M.IIIA Tahun 2020, PT SI, sebagai Pengusaha di Gudang Berikat merangkap Penyelenggara Gudang Berikat (PDGB), berhasil membantah koreksi atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN senilai lebih dari Rp19,9 miliar yang dipicu oleh konflik interpretasi antara ketentuan kepabeanan dan perpajakan substantif. Sengketa ini berpusat pada pertanyaan kunci: Apakah pelanggaran administratif kepabeanan (tidak tercantum dalam DPTDB) dapat membatalkan hak PPN Tidak Dipungut yang bersifat substantif?
Direktorat Jenderal Pajak (DJP), selaku Terbanding, melakukan koreksi positif atas DPP PPN dengan mendalilkan Pemohon Banding telah melanggar Pasal 17 huruf d Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Nomor 143/PMK.04/2011. Pelanggaran tersebut berupa penyerahan BKP kepada tiga pelanggan Kawasan Berikat yang namanya tidak tercantum dalam Daftar Perusahaan Tujuan Distribusi Barang (DPTDB) pada Izin Gudang Berikat PT SI. DJP berpendapat bahwa ketidakpatuhan administratif kepabeanan ini secara langsung menghilangkan hak atas fasilitas PPN Tidak Dipungut, sehingga transaksi tersebut harus diperlakukan sebagai penyerahan di Daerah Pabean yang PPN-nya terutang dan wajib dipungut sendiri. PT SI, di sisi lain, berargumen bahwa pelanggan tersebut terbukti merupakan Pengusaha di Kawasan Berikat (PDKB) dan penyerahan dari Gudang Berikat ke Kawasan Berikat dijamin oleh Pasal 16B Undang-Undang PPN dan Pasal 12 PMK 143/2011. PT SI menegaskan DPTDB hanyalah persyaratan administrasi kepabeanan yang tidak mengatur implikasi substantif PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak secara eksplisit memisahkan masalah kepabeanan dan perpajakan. Majelis menegaskan bahwa pelanggaran terhadap kewajiban administratif kepabeanan (DPTDB) adalah isu yang berada di bawah kewenangan pengawasan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai dan tidak secara otomatis membatalkan perlakuan PPN Tidak Dipungut yang telah diatur oleh UU PPN dan PP. Fasilitas PPN Tidak Dipungut melekat pada sifat transaksi dan status pihak yang bertransaksi, yaitu penyerahan dari Tempat Penimbunan Berikat ke Tempat Penimbunan Berikat lainnya. Karena Pemohon Banding dapat membuktikan status PDKB dari para pelanggan dan telah menggunakan dokumen pengeluaran yang tepat (BC 2.7), Majelis berkesimpulan bahwa koreksi Terbanding tidak memiliki dasar hukum yang kuat dan membatalkan koreksi tersebut.
Putusan ini memberikan kepastian hukum yang signifikan bagi para pelaku industri yang beroperasi di kawasan berikat. Implikasi putusan ini memperjelas bahwa formalitas administratif yang diatur dalam rezim kepabeanan tidak dapat mengesampingkan substansi perlakuan PPN yang telah diatur dalam rezim perpajakan. Putusan ini menjadi preseden penting yang dapat digunakan Wajib Pajak lain untuk membela diri dari koreksi PPN yang didasarkan semata-mata pada pelanggaran administrasi kepabeanan, selama syarat-syarat substantif perpajakan telah terpenuhi. Kasus PT SI ini menyoroti pentingnya fokus pada syarat-syarat substantif perpajakan saat melakukan sengketa.
Kasus PT SI menegaskan bahwa pemenuhan syarat substansial, yaitu penyerahan BKP dari Gudang Berikat ke Kawasan Berikat, jauh lebih superior daripada kegagalan administratif kepabeanan dalam menentukan perlakuan PPN. Wajib Pajak harus memastikan seluruh dokumentasi PPN yang relevan dan dokumen kepabeanan yang tepat (BC 2.7) terpenuhi, sambil tetap berupaya menjaga kepatuhan administratif kepabeanan untuk menghindari potensi sanksi di area Bea dan Cukai.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini