Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) terkait Pajak Masukan (PM) sering kali berfokus pada pemenuhan persyaratan formalitas Faktur Pajak, khususnya ketika terjadi proses penerbitan Faktur Pajak Pengganti. Dalam kasus PT BB (Nomor PUT-003333.16/2022/PP/M.XVIB Tahun 2025), Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas PM sebesar Rp64.734.160,00. DJP berargumen bahwa Faktur Pajak Masukan (FPM) yang dikreditkan oleh Wajib Pajak (WP) telah tidak memenuhi syarat formal karena terdapat perbedaan nomor seri dan nilai PPN setelah PKP Penjual menerbitkan Faktur Pajak Pengganti. Koreksi ini berakar pada ketidaksesuaian data yang dilaporkan oleh kedua belah pihak dalam SPT Masa PPN.

Inti Konflik: Interpretasi Fungsi Faktur Pajak Pengganti dan Tanggung Jawab Renteng

Inti konflik yang disoroti adalah interpretasi terhadap Pasal 17 ayat (2) Peraturan Menteri Keuangan (PMK) dan Peraturan Direktur Jenderal Pajak (PER) terkait fungsi Faktur Pajak Pengganti. DJP secara implisit menganggap FPM yang diganti menjadi batal karena adanya perbedaan data, sementara WP bersikukuh bahwa FPM tersebut sah karena PPN telah disetor dan transaksi riil terjadi, sejalan dengan prinsip tanggung jawab renteng Pasal 16F Undang-Undang PPN.

Resolusi Majelis Hakim dan Penerapan Prinsip Kehati-hatian

Majelis Hakim memberikan resolusi dengan penekanan otoritatif: Faktur Pajak Pengganti berfungsi membetulkan (bukan membatalkan) Faktur Pajak yang diganti. Majelis menegaskan bahwa FPM yang diganti tetap dapat digunakan sebagai dasar pengkreditan PM. Untuk menyelesaikan perbedaan nilai yang menjadi sengketa, Majelis menerapkan prinsip kehati-hatian: jika nilai PPN pada FPM yang diganti lebih kecil dari FPM Pengganti, maka yang dapat dikreditkan adalah nilai PM yang lebih kecil. Karena WP telah mengkreditkan nilai yang lebih kecil (Rp64.734.160,00), koreksi DJP dibatalkan seluruhnya.

Dampak dan Implikasi Putusan bagi Wajib Pajak

Putusan ini memiliki dampak signifikan bagi Wajib Pajak, menegaskan pentingnya pemahaman substansi pajak melebihi sekadar formalitas. Implikasinya adalah hak pengkreditan PM WP tidak boleh hilang hanya karena kesalahan administratif yang telah dibetulkan oleh PKP Penjual, asalkan hak negara atas PPN telah terpenuhi (disetor).

Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini