Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi terhadap DPP PPN atas Pemungutan Pajak oleh Pemungut Pajak untuk Masa Pajak April 2013 terhadap PT Perusahaan Gas Negara (PGN). Sebagai Badan Usaha Milik Negara (BUMN) yang ditunjuk sebagai pemungut berdasarkan PMK Nomor 85/PMK.03/2012, PGN memiliki kewajiban untuk memungut, menyetor, dan melaporkan PPN atas transaksi dengan rekanan. Konflik mencuat saat otoritas pajak menemukan ketidaksesuaian data antara pelaporan PGN dengan data pada aplikasi portal DJP, yang mengarah pada dugaan adanya transaksi yang belum dipungut atau dilaporkan secara patut.
Inti konflik terfokus pada tiga klaster kode faktur pajak: 010 (penyerahan umum), 030 (pemungut PPN), dan 070 (penyerahan tidak dipungut). Terbanding bersikukuh bahwa ekualisasi data menunjukkan kekurangan pelaporan, sementara PGN berargumen bahwa sebagian transaksi merupakan objek yang tidak wajib dipungut oleh BUMN atau telah disetorkan namun terdapat kendala administratif dalam sinkronisasi data. Majelis Hakim kemudian melakukan uji bukti mendalam terhadap dokumen SSP (Surat Setoran Pajak) dan faktur pajak yang relevan untuk memastikan apakah hak negara telah terpenuhi.
Resolusi yang diambil oleh Majelis Hakim menunjukkan pendekatan yang berimbang. Majelis membatalkan koreksi atas transaksi berkode 070 karena terbukti secara hukum merupakan penyerahan di Kawasan Bebas Batam yang mendapat fasilitas tidak dipungut sesuai PP Nomor 5 Tahun 2011. Untuk kode 030, Majelis mengabulkan sebagian permohonan sepanjang PGN dapat menunjukkan bukti setor yang valid, namun tetap mempertahankan koreksi atas transaksi yang tidak didukung bukti kompeten. Putusan ini menegaskan bahwa dalam sengketa pemungut PPN, ketersediaan bukti fisik setoran pajak (NTPN) menjadi determinan utama dalam menggugurkan koreksi otoritas.
Kesimpulannya, putusan ini memberikan implikasi krusial bagi BUMN untuk memperketat administrasi perpajakan dan rekonsiliasi data secara berkala. Kemenangan sebagian PGN membuktikan bahwa argumen substantif yang didukung bukti formal yang kuat dapat memitigasi risiko fiskal akibat kesalahan administratif. Bagi wajib pajak lain, kasus ini menjadi pengingat bahwa fasilitas perpajakan di kawasan khusus memerlukan tertib administrasi yang tinggi agar tidak menjadi temuan di kemudian hari.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini