Kegagalan memenuhi prasyarat formal dalam sengketa tata usaha negara perpajakan seringkali menjadi batu sandungan utama bagi Wajib Pajak dalam mencari keadilan di Pengadilan Pajak. Dalam sengketa antara PT RP melawan Direktorat Jenderal Pajak (DJP), Penggugat berupaya membatalkan keputusan keberatan atas SKPKB PPh Tahun Pajak 2016 melalui jalur gugatan formal, dengan mendalilkan adanya ketidaksesuaian prosedur dalam proses pemeriksaan sebagaimana diatur dalam Pasal 36 ayat (1) huruf b UU KUP. Namun, upaya ini terhenti sebelum Majelis Hakim menyentuh substansi materiil koreksi pajak yang disengketakan.
Inti konflik bermula ketika PT RP menganggap bahwa penerbitan ketetapan pajak oleh DJP dilakukan tanpa mengikuti prosedur yang benar, yang menurut mereka seharusnya membatalkan ketetapan tersebut demi hukum. Di sisi lain, Tergugat (DJP) mempertahankan argumentasi bahwa seluruh tahapan audit telah dilakukan sesuai regulasi teknis perpajakan yang ketat. Perdebatan hukum berfokus pada apakah kesalahan prosedur yang didalilkan cukup kuat untuk menggugurkan sebuah produk hukum perpajakan melalui jalur gugatan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam resolusinya memberikan penekanan pada aspek formalitas pengajuan perkara. Berdasarkan pemeriksaan dokumen dan fakta persidangan, Majelis menemukan bahwa permohonan PT RP tidak memenuhi kriteria formal yang dipersyaratkan oleh UU Pengadilan Pajak. Hal ini mengakibatkan permohonan tersebut dinyatakan "Tidak Dapat Diterima", sebuah posisi hukum di mana Pengadilan tidak memiliki kewenangan lebih lanjut untuk memeriksa alasan-alasan bantahan yang diajukan oleh Wajib Pajak.
Implikasi dari putusan ini bagi PT RP dan praktisi perpajakan secara umum sangat signifikan. Putusan ini menegaskan bahwa ketelitian dalam menyusun anatomi gugatan dan pemenuhan syarat formal bukanlah sekadar formalitas, melainkan gerbang utama dalam litigasi pajak. Secara umum, kasus ini menjadi peringatan bagi Wajib Pajak untuk lebih proaktif dalam memastikan bahwa setiap langkah hukum yang diambil selaras dengan prosedur acara di Pengadilan Pajak guna menghindari kerugian permanen akibat sengketa yang tidak dapat diperiksa materinya.