Penerapan Pasal 9 ayat (8) huruf f Undang-Undang PPN yang secara umum melarang pengkreditan Pajak Masukan atas Faktur Pajak yang tidak berdasarkan transaksi yang sebenarnya kerap menjadi sumber sengketa, terutama ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mengandalkan hasil konfirmasi "Tidak Ada" dari lawan transaksi. Kasus PT SPV ini menyoroti kompleksitas dan resolusi sengketa pengkreditan Pajak Masukan sebesar Rp19.164.300,00 yang dikoreksi Terbanding karena dianggap tidak dilaporkan oleh PKP penjual. Inti konflik terletak pada pertarungan antara kebenaran formal administrasi (hasil konfirmasi) melawan kebenaran materiil transaksi (arus uang, barang, dan dokumen).
Terbanding berargumen bahwa hasil konfirmasi yang menunjukkan Faktur Pajak "Tidak Ada" (tidak dilaporkan oleh penjual) secara otomatis menjadikannya tidak sah dan tidak dapat dikreditkan, sesuai Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN. Lebih lanjut, Terbanding mencoba menerapkan Pasal 16F (tanggung jawab renteng) kepada pembeli (SPV) karena PPN dianggap tidak disetor oleh penjual. Di sisi lain, SPV sebagai Pemohon Banding membantah keras, menyajikan bukti faktual berupa Purchase Order (PO), invoice, delivery order, dan terutama, bukti transfer bank yang menunjukkan pembayaran PPN kepada PKP penjual. Bantahan ini didasarkan pada prinsip itikad baik pembeli, di mana kegagalan administrasi pihak penjual tidak boleh membatalkan hak pengkreditan pembeli yang telah membayar PPN.
Majelis Hakim mengambil sikap yang pro-kebenaran materiil. Majelis mengabulkan sebagian koreksi ini, khususnya untuk Pajak Masukan dari PT Gunung Putri Perkasa, yang dikoreksi sebesar Rp10.544.513,00. Majelis menyatakan bahwa, meskipun hasil konfirmasi adalah alat uji awal, ia tidak dapat berdiri sendiri. Ketika Pemohon Banding mampu membuktikan eksistensi transaksi dan pembayaran PPN secara substantif, maka koreksi Terbanding harus dibatalkan. Yang krusial, Majelis menegaskan bahwa Pasal 16F adalah instrumen penagihan tanggung jawab renteng yang tidak boleh dijadikan dasar untuk menolak pengkreditan Pajak Masukan Pemohon Banding yang beritikad baik, karena PPN telah dibayar. Namun, sebagian kecil koreksi tetap dipertahankan (terkait PT Telkom dan PT Telkomsel) karena Pemohon Banding gagal memberikan bukti yang cukup memadai.
Putusan ini memberikan preseden penting bagi Wajib Pajak pembeli, khususnya dalam menghadapi koreksi Pajak Masukan yang didasarkan semata-mata pada hasil konfirmasi. Implikasinya jelas: dokumen pembuktian arus uang (rekening koran/bukti transfer) dan arus barang menjadi benteng pertahanan utama melawan tuduhan Faktur Pajak tidak berdasarkan transaksi sebenarnya. Bagi DJP, putusan ini menegaskan bahwa penggunaan Pasal 16F harus dilakukan secara hati-hati, di mana proses penagihan aktif kepada penjual harus dilakukan, dan Pasal 16F tidak boleh disalahgunakan sebagai dasar de facto untuk mengeliminasi hak pengkreditan pembeli beritikad baik. Hal ini memperkuat prinsip substance over form dalam sengketa PPN.
Kemenangan parsial SPV dalam pos sengketa ini mengajarkan Wajib Pajak untuk selalu menjaga dokumentasi transaksi secara komprehensif. Pengadilan Pajak akan senantiasa mencari kebenaran materiil, dan dalam hal ini, kebenaran tersebut dibuktikan melalui transfer uang dan penyerahan barang yang riil, bukan hanya melalui data formal yang ada pada sistem administrasi DJP.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini