Kasus yang menimpa PT PSP bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan Masa Pajak September 2014. Terbanding mendasarkan koreksinya pada hasil konfirmasi Faktur Pajak yang menunjukkan data "Tidak Ada" pada database DJP, serta adanya faktur dari PKP yang status pengukuhannya telah dicabut. Menurut otoritas pajak, ketidaksesuaian data ini menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan sebagaimana diatur dalam Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN karena dianggap tidak memenuhi syarat formal.
Namun, PSP memberikan bantahan keras dengan menunjukkan bukti-bukti materialitas transaksi. Seluruh pembayaran atas perolehan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) telah dilakukan, termasuk unsur PPN di dalamnya. PSP menegaskan bahwa sebagai pembeli, mereka telah menjalankan kewajiban perpajakannya dengan benar dan tidak memiliki otoritas untuk memaksa penjual melaporkan Faktur Pajak tersebut ke sistem DJP. Di sinilah letak urgensi perlindungan bagi pembeli beriktikad baik yang sering kali menjadi korban atas kelalaian administratif pihak lawan transaksi.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya sepakat dengan argumen Pemohon Banding. Hakim menegaskan bahwa jika jawaban konfirmasi adalah "Tidak Ada", maka tindakan yang seharusnya diambil oleh fiskus adalah melakukan penagihan kepada PKP Penjual melalui penerbitan SKPKB, bukan langsung mengoreksi Pajak Masukan pembeli. Selama Pemohon Banding dapat membuktikan kebenaran transaksi melalui uji arus uang dan arus barang, maka hak pengkreditan Pajak Masukan tetap sah secara hukum.
Keputusan ini mempertegas implikasi bahwa kebenaran materiil mengungguli kegagalan administratif sistemik. Putusan ini menjadi preseden penting bagi Wajib Pajak untuk selalu mendokumentasikan bukti arus kas dan penerimaan barang secara detail. Kegagalan sistem konfirmasi DJP tidak boleh menghapuskan hak konstitusional Wajib Pajak yang telah menanggung beban pajak secara nyata dalam setiap transaksinya.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini