Sengketa perpajakan yang melibatkan KSO PA (KSO PP-Arkonin) menjadi preseden penting mengenai perlindungan hukum bagi Wajib Pajak yang beriktikad baik. Kasus ini bermula dari koreksi positif Pajak Masukan oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) sebesar Rp46.368.250,00 atas transaksi dengan PT DTP. DJP mendasarkan koreksinya pada hasil konfirmasi faktur pajak yang menunjukkan jawaban "Tidak Ada", yang mengindikasikan bahwa penjual tidak melaporkan Pajak Keluaran dalam SPT Masa PPN mereka. Bagi otoritas pajak, ketiadaan pelaporan oleh penjual menggugurkan hak pembeli untuk mengkreditkan pajak tersebut karena dianggap tidak memenuhi kebenaran materiil.
Konflik hukum menajam ketika KSO PA mengajukan bantahan dengan menunjukkan bahwa transaksi tersebut adalah nyata dan terkait langsung dengan kegiatan usaha pembangunan infrastruktur rumah sakit. KSO PA menegaskan bahwa seluruh kewajiban pembayaran, termasuk PPN, telah dilunasi kepada penjual melalui mekanisme transfer perbankan. Di sisi lain, DJP bersikukuh bahwa tanpa adanya pelaporan dari pihak penjual, negara tidak mendapatkan setoran pajak tersebut, sehingga pengkreditan oleh pembeli akan merugikan penerimaan negara sesuai dengan interpretasi sempit atas prosedur konfirmasi faktur pajak.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangannya mengambil posisi yang mengedepankan hakikat kebenaran transaksi. Merujuk pada Pasal 16F UU PPN, Majelis menekankan bahwa tanggung jawab renteng pembeli hanya berlaku jika pembeli tidak dapat membuktikan telah membayar pajak kepada penjual. Dalam persidangan, KSO PA berhasil menyajikan bukti arus uang (rekening koran) dan arus barang yang sangat solid. Majelis berpendapat bahwa kelalaian administratif penjual dalam melaporkan pajak tidak boleh menghapuskan hak pembeli yang telah memenuhi kewajibannya secara finansial dan prosedural.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa pembuktian arus uang dan barang (flow of money & flow of goods) adalah instrumen perlindungan utama bagi Wajib Pajak dalam menghadapi sengketa konfirmasi faktur pajak. Implikasinya, otoritas pajak tidak dapat secara otomatis membebankan kesalahan pelaporan pihak ketiga (penjual) kepada pembeli selama bukti pembayaran PPN dapat ditunjukkan secara gamblang. Kesimpulannya, pengkreditan Pajak Masukan tetap sah secara hukum meski penjual melanggar ketentuan pelaporan, sepanjang transaksi tersebut bukan merupakan transaksi fiktif.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini