Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) antara PT NTT Global Data Centers Indonesia (PT NTT GDCI) dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) memuncak pada perdebatan mengenai keabsahan pengkreditan Pajak Masukan senilai Rp1,45 miliar. Persoalan ini bermula dari langkah Terbanding yang melakukan koreksi atas Pajak Masukan Masa Pajak Juni 2017 dengan dalih bahwa Pemohon Banding tidak dapat membuktikan substansi transaksi melalui uji arus barang dan arus uang secara sempurna saat proses pemeriksaan. DJP berpegang pada Pasal 12 ayat (3) dan Pasal 29 UU KUP untuk menegaskan wewenangnya dalam mengoreksi ketetapan pajak jika data pendukung dianggap tidak memadai.
Inti konflik ini terletak pada interpretasi mengenai pembuktian material atas perolehan BKP/JKP. Terbanding berargumen bahwa tanpa bukti arus barang yang fisik dan nyata, Pajak Masukan tidak dapat dikreditkan sesuai Pasal 9 ayat (8) huruf f UU PPN. Di sisi lain, PT NTT GDCI membantah dengan menyajikan bukti komprehensif berupa invoice, Faktur Pajak yang sah, serta bukti pembayaran melalui rekening koran. Pemohon Banding menegaskan bahwa transaksi tersebut adalah nyata dan seluruh kewajiban perpajakan dari sisi vendor telah terpenuhi, sehingga hak pengkreditan seharusnya tidak dianulir hanya karena subjektivitas pemeriksa.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya menekankan bahwa esensi dari pengkreditan Pajak Masukan adalah adanya penyerahan yang nyata dan Faktur Pajak yang memenuhi syarat formal serta material. Dalam persidangan, Majelis menemukan bahwa bukti arus uang yang disajikan Pemohon Banding sangat kuat dan konsisten dengan arus dokumen (kontrak dan invoice). Selain itu, koreksi terkait saldo kompensasi dari masa sebelumnya diputuskan harus dibatalkan karena sengketa pada masa pajak sebelumnya tersebut juga telah dimenangkan oleh Pemohon Banding, sehingga secara otomatis saldo kompensasi tersebut harus dipulihkan.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa dokumen perbankan (arus uang) memiliki bobot pembuktian yang sangat krusial dalam mematahkan koreksi sepihak yang didasarkan pada ketidakyakinan pemeriksa atas arus barang. Bagi Wajib Pajak, putusan ini menjadi preseden penting bahwa ketertiban administrasi dalam menyimpan bukti pembayaran dan dokumen pendukung transaksi adalah kunci utama memenangkan sengketa litigasi. Pengadilan Pajak kembali menunjukkan posisinya sebagai lembaga yang mengedepankan kebenaran material di atas asumsi administratif otoritas pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini