Kasus PT CNL melawan Direktur Jenderal Pajak (DJP) menyoroti perselisihan mendasar mengenai penerapan metode Transactional Net Margin Method (TNMM), di mana WP berargumen menggunakan indikator Cost Plus Ratio (CPR), namun Majelis Hakim berpendapat lain. Inti konflik muncul ketika DJP melakukan koreksi Peredaran Usaha sebesar Rp7.493.948.273,00 terhadap transaksi penjualan ke pihak afiliasi di Singapura. DJP menilai laba operasi WP berada di luar rentang kewajaran, dan menolak indikator CPR, serta data pembanding yang digunakan WP.
Sebaliknya, DJP berargumen bahwa TNMM seharusnya menggunakan indikator laba neto, yakni Net Cost Plus Markup (NCPM), karena indikator ini lebih akurat mencerminkan risiko, aset, dan fungsi kompleks yang diemban oleh fully pledged manufacturer. DJP berpegangan pada rentang kewajaran yang ketat dan menolak 22 dari 30 comparables WP.
Majelis Hakim, setelah mempertimbangkan analisis fungsional, menyimpulkan bahwa NCPM adalah indikator laba yang lebih tepat untuk menguji kewajaran PT CNL. Namun, Majelis bersikap moderat dalam hal komparabilitas. Majelis menolak penolakan massal comparables oleh DJP, menegaskan bahwa TNMM memiliki toleransi yang lebih luas terhadap perbedaan produk selama berada dalam industri yang sama. Dengan demikian, Majelis menerima 30 comparables WP, namun menerapkan batas kewajaran NCPM dari data tersebut. Laba operasi WP (NCPM 0,82%) yang berada di bawah rentang wajar dikoreksi ke nilai Median (2,75%).
Putusan ini menghasilkan koreksi yang dipertahankan sebesar Rp2.773.109.537,00, yang merupakan kemenangan parsial bagi kedua belah pihak. Implikasinya jelas: bagi produsen di Indonesia yang memiliki fungsi kompleks, kepatuhan Transfer Pricing (TP) tidak hanya sebatas memilih metode yang tepat (TNMM), tetapi juga wajib memilih indikator laba yang paling mencerminkan posisi fungsional entitas. Wajib Pajak harus secara proaktif memastikan bahwa dokumentasi TP mereka menyertakan justifikasi yang kuat untuk pemilihan indikator laba neto dan data pembanding yang defensif, agar dapat bertahan terhadap koreksi otoritas pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini