Sengketa administrasi perpajakan yang menimpa PT SAI menjadi alarm keras bagi pelaku usaha mengenai pentingnya ketepatan formal dalam skema penagihan kembali atau reimbursement. Inti konflik bermula ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menerbitkan Surat Tagihan Pajak (STP) atas denda Pasal 14 ayat (4) UU KUP karena Penggugat dianggap tidak menerbitkan Faktur Pajak atas penyerahan jasa kepelabuhanan kepada pemilik kapal (principal). Tergugat berargumen bahwa penyerahan jasa tersebut merupakan objek PPN yang wajib dibuatkan Faktur Pajaknya, sementara Penggugat bersikukuh bahwa transaksi tersebut adalah pure reimbursement atau penggantian biaya aktual tanpa nilai tambah (markup), sehingga tidak termasuk dalam pengertian penyerahan Jasa Kena Pajak (JKP).
Ketidaksinkronan administratif menjadi titik lemah utama Penggugat dalam mempertahankan argumen reimbursement. Secara teknis, Penggugat menjelaskan bahwa biaya jasa tambat, pandu, dan tunda dari PT P ditagihkan kepada mereka karena sistem Inaportnet tidak memungkinkan penerbitan tagihan langsung kepada principal luar negeri. Namun, Majelis Hakim menekankan bahwa secara legal-formal, dokumen bukti dari pihak ketiga (PT P) diterbitkan atas nama PT SAI, bukan atas nama penanggung beban sesungguhnya. Berdasarkan prinsip perpajakan, syarat mutlak reimbursement yang tidak terutang PPN adalah dokumen dari pihak ketiga harus langsung atas nama pengguna jasa akhir, atau setidaknya terdapat perjanjian yang jelas serta bukti penyerahan dokumen asli kepada pihak penanggung beban.
Majelis Hakim akhirnya menolak gugatan PT SAI dengan pertimbangan hukum yang komprehensif. Selain masalah dokumen yang tidak memenuhi syarat reimbursement, fakta bahwa Penggugat tidak mengajukan keberatan atas SKPKB PPN yang menjadi dasar materiil penerbitan STP membuat koreksi tersebut dianggap telah berkekuatan hukum tetap (inkracht). Secara implikasi, putusan ini menegaskan bahwa kelemahan sistem pihak ketiga (seperti Inaportnet) tidak dapat dijadikan alasan pembenar untuk menyimpangi aturan formal penerbitan Faktur Pajak. Bagi Wajib Pajak, preseden ini menunjukkan bahwa dokumentasi yang cacat secara formal akan menggugurkan substansi ekonomi dari sebuah transaksi reimbursement di mata hukum.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini