Sengketa perpajakan antara CV LR dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) dalam Putusan Nomor PUT-004663.99/2020/PP/M.IVB Tahun 2025 menegaskan rigiditas aturan pengukuhan Pengusaha Kena Pajak (PKP) secara jabatan. Majelis Hakim menolak gugatan Wajib Pajak atas penerbitan SKPKB PPN yang muncul akibat pelampauan ambang batas omzet pengusaha kecil sebagaimana diatur dalam PMK No. 197/PMK.03/2013. Isu krusial dalam kasus ini terletak pada ketidakmampuan Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan atas perolehan BKP/JKP sebelum pengukuhan PKP.
Inti konflik bermula ketika hasil pemeriksaan pajak menemukan bahwa CV LR telah mencapai peredaran usaha sebesar Rp6,39 miliar pada akhir tahun 2016, namun baru melaporkan diri untuk dikukuhkan sebagai PKP pada Mei 2017. DJP berargumen bahwa secara material, kewajiban memungut PPN timbul sejak omzet melebihi Rp4,8 miliar. Sebaliknya, CV LR berdalih bahwa keterlambatan tersebut didasari ketidaktahuan hukum dan menganggap pengenaan pajak tanpa memperhitungkan Pajak Masukan sebagai tindakan yang tidak adil.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya memberikan konfirmasi atas supremasi regulasi formal PPN di Indonesia. Hakim berpendapat bahwa kewajiban melaporkan usaha untuk dikukuhkan sebagai PKP adalah kewajiban yang melekat pada pengusaha saat ambang batas terlampaui. Terkait permohonan pengkreditan Pajak Masukan, Majelis merujuk secara ketat pada Pasal 9 ayat (8) huruf i UU PPN yang melarang pengkreditan Pajak Masukan yang ditemukan saat pemeriksaan dan tidak dilaporkan dalam SPT Masa PPN.
Implikasi dari putusan ini menjadi peringatan keras bagi para pelaku usaha skala menengah untuk melakukan monitoring ambang batas omzet secara real-time. Ketidaktahuan hukum tidak dapat dijadikan alasan pemaaf. Secara praktis, putusan ini menegaskan bahwa "biaya" dari keterlambatan pengukuhan PKP bukan hanya berupa sanksi bunga, melainkan juga hilangnya efisiensi pajak dari Pajak Masukan yang hangus.
Kesimpulannya, kepatuhan formal dalam pendaftaran PKP merupakan prasyarat mutlak untuk menikmati sistem credit method dalam PPN. Majelis Hakim telah menunjukkan konsistensi dalam menerapkan sanksi bagi Wajib Pajak yang gagal memenuhi kewajiban pelaporan tepat waktu.