Sengketa antara PT MI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mengungkapkan kompleksitas prosedural dalam pengembalian kelebihan pembayaran pajak yang seharusnya tidak terutang menurut PMK 187/2015. Kasus ini bermula ketika Wajib Pajak melakukan pembayaran PPh Pasal 29 akibat pembetulan SPT yang kurang bayar, namun kemudian menyadari adanya kredit pajak tertinggal yang membuat status akhir SPT menjadi Lebih Bayar (LB). Konflik muncul saat permohonan pengembalian dana tersebut ditolak fiskus karena adanya proses pemeriksaan yang sedang berlangsung atas SPT LB tersebut.
PT MI bersikukuh bahwa setoran PPh 29 sebesar USD 189.948 adalah hak mereka yang harus segera dikembalikan karena secara teknis tidak dapat dikreditkan dalam formulir SPT LB. Namun, DJP berargumen bahwa kepastian atas nilai pajak tersebut harus diuji melalui pemeriksaan lapangan yang komprehensif, bukan sekadar penelitian administratif. Fiskus menegaskan bahwa setoran tersebut tidak akan hilang, melainkan akan diperhitungkan dalam hasil pemeriksaan akhir sebagai pengurang nilai kurang bayar atau penambah nilai lebih bayar.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak akhirnya mengambil posisi yang memperkuat wewenang pemeriksaan fiskus. Hakim berpendapat bahwa untuk menentukan apakah suatu pajak benar-benar "tidak terutang", diperlukan verifikasi atas seluruh komponen perhitungan pajak, termasuk validitas kredit pajak PPh 22 dan 23 yang diklaim WP. Karena proses pemeriksaan sedang berjalan, Majelis menilai langkah DJP untuk mengakomodasi setoran tersebut dalam laporan hasil pemeriksaan adalah tindakan yang tepat demi kepastian hukum dan menghindari pengembalian ganda.
Putusan ini memberikan pelajaran krusial bagi perusahaan multinasional mengenai pentingnya akurasi dalam melakukan pembetulan SPT. Kesalahan dalam mengidentifikasi kredit pajak sebelum membayar PPh 29 dapat mengakibatkan likuiditas perusahaan tertahan dalam jangka waktu lama karena harus mengikuti siklus pemeriksaan pajak yang bisa memakan waktu hingga 12 bulan. WP disarankan untuk lebih proaktif dalam merekonsiliasi data keuangan sebelum melakukan penyetoran pajak ke kas negara.
'Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini'