Sengketa ini berpusat pada kualifikasi subjek pajak dan klasifikasi penghasilan dalam penerapan PPh Final Pasal 15 terhadap entitas luar negeri yang tidak memiliki izin usaha pelayaran. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas pembayaran freight dan service fee oleh PT CI kepada CAP Pte Ltd yang berbasis di Singapura, dengan mengasumsikan bahwa transaksi tersebut merupakan objek PPh Pasal 15 atas jasa pelayaran luar negeri. DJP berargumen bahwa adanya arus uang untuk pembayaran biaya pengapuran mengindikasikan aktivitas pelayaran yang dilakukan melalui agen di Indonesia, sehingga tarif efektif 1,2% dari penghasilan bruto harus diterapkan sesuai KMK-417/1996.
Di sisi lain, CAP Pte Ltd secara tegas membantah klasifikasi tersebut dengan menyajikan bukti bahwa profil bisnis mereka adalah distributor mesin dan penyedia solusi energi, bukan perusahaan transportasi air. CAP Pte Ltd menjelaskan bahwa biaya freight yang ditagihkan merupakan reimbursement murni tanpa mark-up atas biaya yang telah dibayarkan terlebih dahulu kepada perusahaan pelayaran pihak ketiga (shipper), sementara service fee mencerminkan jasa manajemen. Pembuktian dokumen berupa Tax Residency Certificate (DGT-1) and Certificate of Incorporation menjadi instrumen krusial bagi CAP Pte Ltd untuk menunjukkan bahwa mereka tidak memiliki armada kapal maupun izin sebagai perusahaan pelayaran, sehingga ketentuan Pasal 15 UU PPh tidak relevan untuk diterapkan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya menekankan bahwa pengenaan PPh Pasal 15 bersifat spesifik dan hanya ditujukan kepada Wajib Pajak yang secara nyata memiliki status sebagai perusahaan pelayaran atau penerbangan internasional. Hakim berpendapat bahwa fakta persidangan menunjukkan CAP Pte Ltd bertindak sebagai perantara pembayaran (reimbursement) dan penyedia jasa manajemen, bukan operator pelayaran. Mengacu pada P3B Indonesia-Singapura, penghasilan tersebut diklasifikasikan sebagai laba usaha (business profits) di bawah Pasal 7, bukan Pasal 8 (Shipping). Mengingat CAP Pte Ltd tidak memiliki Bentuk Usaha Tetap (BUT) di Indonesia, maka hak pemajakan sepenuhnya berada di Singapura, yang berujung pada pembatalan seluruh koreksi Terbanding.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak multinasional mengenai pentingnya memisahkan tagihan reimbursement biaya logistik dari jasa utama untuk menghindari misinterpretasi objek pajak. Kemenangan CAP Pte Ltd menegaskan bahwa otoritas pajak tidak dapat serta-merta mengenakan PPh Pasal 15 hanya berdasarkan deskripsi "freight" dalam invoice tanpa menguji substansi subjek pajak dan kepemilikan armada. Bagi praktisi perpajakan, kasus ini memperkuat doktrin bahwa formalitas administratif dan dokumen legalitas subjek pajak tetap menjadi pilar utama dalam menentukan skema pemajakan yang tepat dalam transaksi lintas batas.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini