Dunia usaha sering kali dihadapkan pada situasi administratif di mana pelanggan meminta penerbitan ulang invoice untuk menyesuaikan dengan periode verifikasi internal mereka. Namun, bagi otoritas pajak, selisih antara peredaran usaha di SPT PPh Badan dengan DPP PPN yang timbul akibat praktik ini merupakan indikasi kuat adanya penghasilan yang belum dilaporkan. Dalam sengketa PT NCSI, Majelis Hakim menegaskan bahwa pembuktian atas pembatalan transaksi tidak dapat hanya bersandar pada dokumen internal perusahaan tanpa mengikuti prosedur formal yang diatur dalam regulasi PPN.
Inti konflik dalam kasus ini bermula dari koreksi fiskus atas peredaran usaha sebesar Rp15,06 miliar hasil ekualisasi dengan SPT Masa PPN. PT NCSI berargumen bahwa selisih tersebut hanyalah "administrasi ulang" invoice atas permintaan pelanggan (re-issuance). Mereka melakukan net-off menggunakan Credit Memo internal untuk membatalkan invoice lama dan menerbitkan invoice baru pada tahun 2018. Sebaliknya, DJP berpendapat bahwa karena tidak ada pembatalan Faktur Pajak secara resmi melalui sistem e-Faktur maupun bukti Nota Retur yang sah, maka seluruh invoice yang diterbitkan pada tahun 2018 tetap dihitung sebagai peredaran usaha tahun berjalan.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menolak dalil PT NCSI. Hakim menekankan bahwa Pasal 5A UU PPN dan PMK Nomor 65/PMK.03/2010 secara rigid mengatur bahwa pengurangan PPN atas BKP yang dikembalikan atau dibatalkan wajib menggunakan Nota Retur atau mekanisme pembatalan Faktur Pajak yang diakui sistem administrasi perpajakan. Karena PT NCSI gagal menunjukkan bukti validasi dari pihak ketiga (lawan transaksi) dan tidak menempuh jalur formal pembatalan faktur, maka dokumen internal Credit Note dianggap tidak memiliki kekuatan pembuktian untuk menggugurkan hasil ekualisasi fiskus.
Putusan ini memberikan pesan tegas bagi Wajib Pajak: kepatuhan materiil harus dibarengi dengan kepatuhan formal yang disiplin. Analisis atas kasus ini menunjukkan bahwa meskipun secara substansi ekonomi tidak ada penyerahan barang baru, kegagalan memenuhi prosedur administrasi pembatalan transaksi berisiko tinggi mengakibatkan koreksi omzet yang bersifat final di pengadilan. Implikasinya, Wajib Pajak harus memastikan setiap pembatalan transaksi terdokumentasi melalui mekanisme Nota Retur atau pembatalan Faktur Pajak yang sah untuk menghindari double counting peredaran usaha.
Sebagai kesimpulan, Majelis Hakim menolak banding PT NCSI karena beban pembuktian yang tidak terpenuhi secara formal-prosedural. Kasus ini menjadi alarm bagi perusahaan untuk tidak mengabaikan tata cara pembatalan faktur pajak hanya demi kemudahan administratif pelanggan, mengingat risiko fiskal yang jauh lebih besar di kemudian hari.