Sengketa pengkreditan Pajak Masukan seringkali terjebak pada dikotomi antara kepatuhan formal administratif dan kebenaran material transaksi ekonomi. Kasus PT NICI menjadi preseden penting dalam menguji sejauh mana kesalahan administratif vendor terkait Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) dapat menggugurkan hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan pajak yang telah dibayarnya. Terbanding melakukan koreksi atas Pajak Masukan dengan dalil bahwa Faktur Pajak yang diterbitkan vendor tidak sesuai jatah atau mendahului tanggal pemberitahuan NSFP, sehingga dikategorikan sebagai Faktur Pajak tidak lengkap sesuai PER-24/PJ/2012.
Konflik inti berpusat pada interpretasi Pasal 13 ayat (5) dan (9) UU PPN. Direktorat Jenderal Pajak (DJP) bersikeras bahwa validitas formal adalah harga mati, di mana ketidaksesuaian NSFP otomatis membuat Faktur Pajak cacat dan tidak dapat dikreditkan. Sebaliknya, Pemohon Banding menegaskan bahwa mereka adalah pembeli beriktikad baik yang telah melunasi PPN kepada penjual, dibuktikan dengan arus uang dan arus barang yang nyata. Pemohon berargumen bahwa informasi jatah NSFP adalah rahasia antara DJP dan penjual, sehingga pembeli tidak memiliki instrumen untuk memverifikasi validitas nomor tersebut pada saat transaksi.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan mengedepankan asas kebenaran material. Dalam pertimbangannya, Majelis menyatakan bahwa sepanjang transaksi tersebut nyata dan PPN telah dibayar, maka hak pengkreditan Pajak Masukan harus dilindungi. Majelis menekankan bahwa kesalahan administratif yang dilakukan oleh penerbit Faktur Pajak tidak boleh membebankan pembeli, terutama ketika pembeli telah memenuhi kewajiban pembayaran pajaknya. Hal ini sejalan dengan prinsip tanggung jawab renteng dalam Pasal 16F UU PPN yang membebaskan pembeli dari tanggung jawab jika dapat membuktikan pembayaran pajak telah dilakukan.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa hakim cenderung tidak kaku pada aturan pelaksanaan (PER) jika aturan tersebut bertentangan dengan substansi keadilan dalam UU PPN. Implikasinya, Wajib Pajak harus memperkuat dokumentasi three-way matching (Invoice, PO, dan Bukti Bayar) sebagai pertahanan utama. Putusan ini menegaskan bahwa substansi ekonomi mengungguli formalitas administratif dalam sengketa PPN, memberikan perlindungan hukum bagi pembeli dari kelalaian administratif pihak ketiga.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini