Sengketa pengkreditan Pajak Masukan (PM) seringkali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak ketika berhadapan dengan hasil uji silang (cross check) sistem informasi Direktorat Jenderal Pajak (DJP) yang menunjukkan status "Tidak Ada". Dalam kasus PT NTT Global Data Centers Indonesia (PT NGDI), Terbanding melakukan koreksi PM sebesar Rp90.613.920,00 atas dasar Faktur Pajak yang tidak ditemukan dalam database DJP, merujuk pada ketentuan formil PER-27/PJ/2011 yang mensyaratkan keabsahan data elektronik.
Inti konflik ini berpusat pada benturan antara kepatuhan administratif vendor dengan hak substantif pembeli. Terbanding berargumen bahwa karena data tidak ditemukan, maka Pajak Masukan tersebut secara otomatis tidak dapat dikreditkan sesuai Pasal 9 ayat (8) UU PPN. Sebaliknya, PT NGDI menegaskan bahwa transaksi tersebut adalah nyata (genuine), dibuktikan dengan arus kas melalui bank dan penerimaan jasa. PT NGDI berpendapat bahwa kelalaian vendor dalam melaporkan SPT Masa PPN tidak seharusnya melimpahkan beban pajak kepada pembeli yang telah menjalankan kewajibannya membayar PPN.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya mengedepankan prinsip kebenaran materiil dan keadilan hukum. Majelis berpendapat bahwa sepanjang Wajib Pajak dapat membuktikan terjadinya transaksi dan pembayaran PPN kepada penjual, maka hak pengkreditan PM tetap dilindungi oleh Undang-Undang. Pengadilan merujuk pada Pasal 33 UU KUP mengenai Tanggung Jawab Renteng, di mana pembeli bertanggung jawab secara renteng jika pajak tidak dapat ditagih kepada penjual kecuali pembeli dapat menunjukkan bukti pembayaran pajak kepada penjual. Karena PT NGDI mampu menyajikan bukti arus uang dan arus dokumen yang kuat, Majelis memutuskan untuk membatalkan koreksi Terbanding.
Putusan ini menegaskan bahwa validitas pengkreditan Pajak Masukan tidak hanya bergantung pada "lampu hijau" sistem otomasi DJP, tetapi lebih pada substansi ekonomi transaksi tersebut. Implikasinya, Wajib Pajak harus memastikan dokumentasi arus uang (rekening koran) dan arus barang/jasa tersimpan dengan rapi sebagai "benteng" terakhir menghadapi kegagalan administratif pihak ketiga (vendor). Kesimpulan Majelis memenangkan keadilan substantif di atas prosedur formal yang kaku.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini