Penerapan prinsip kewajaran dan kelaziman usaha (PKKU/Arm's Length Principle) dalam Pasal 18 ayat (3) Undang-Undang Pajak Penghasilan (UU PPh) seringkali menimbulkan efek domino yang signifikan terhadap aspek Pajak Pertambahan Nilai. Dalam kasus banding PPN yang diajukan oleh PT GCPI d.h. PT MM, Pengadilan Pajak dihadapkan pada konsekuensi logis dari koreksi biaya royalti PPh Badan yang ditetapkan nihil oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP), sehingga memicu koreksi Pajak Masukan atas PPN Pemanfaatan Jasa Luar Negeri (PPN PJLN) senilai Rp438.570.418,00. Inti dari sengketa ini terletak pada penolakan DJP untuk mengkreditkan Surat Setoran Pajak (SSP) PPN yang telah disetor PT GCPI, sebab transaksi royalti yang mendasarinya dianggap tidak memiliki nilai ekonomis yang wajar dan karenanya nilai penggantiannya ditetapkan nihil.
Konflik bermula dari penetapan DJP bahwa biaya royalti yang dibayarkan PT GCPI kepada pihak afiliasi di luar negeri sebesar 2% dari penjualan harus ditiadakan menjadi Rp 0,00. DJP berargumen bahwa peningkatan penjualan PT GCPI disebabkan oleh aktivitas promosi masif di domestik, bukan karena penggunaan logo Godrej yang disewa melalui skema royalti, sehingga pembayaran royalti tersebut tidak memenuhi prinsip arm's length. Konsekuensi dari peniadaan biaya PPh ini adalah gugurnya syarat materiil bagi PPN PJLN yang telah disetor, sehingga SSP PPN tersebut tidak dapat diperlakukan sebagai Pajak Masukan yang dapat dikreditkan. PT GCPI, di sisi lain, membantah keras, menyatakan bahwa tarif royalti 2% berada dalam rentang kewajaran dan didukung oleh Transfer Pricing Documentation (TP Doc) yang sah. PT GCPI menegaskan bahwa peniadaan biaya hingga nol merupakan tindakan melampaui wewenang DJP, yang seharusnya hanya berwenang menyesuaikan nilai sesuai kewajaran.
Dalam putusan PPN ini, Majelis Hakim pada dasarnya menyandarkan pertimbangan substansialnya pada putusan sengketa PPh Badan yang telah menolak banding PT GCPI, yang berarti Majelis telah mengamini bahwa nilai royalti seharusnya nihil karena tidak ada manfaat ekonomis. Oleh karena itu, SSP PPN yang telah disetor oleh PT GCPI tidak dapat dikreditkan sebagai Pajak Masukan yang sah karena dasar transaksinya (royalti) telah ditiadakan. Namun, resolusi yang unik muncul dari Majelis. Majelis Hakim mengidentifikasi adanya kesalahan metode yang dilakukan oleh DJP, yaitu membagi rata total PPN yang telah disetor (Rp 5.262.845.010,00) ke dalam 12 Masa Pajak secara proporsional. Majelis menilai metode pembagian proporsional ini tidak sesuai dengan fakta waktu penyetoran PPN yang sebenarnya.
Demi prinsip kepastian hukum dan keadilan, meskipun SSP PPN tersebut tidak dapat dikreditkan, Majelis memutuskan bahwa seluruh PPN yang telah disetor oleh PT GCPI harus diperhitungkan langsung dengan kewajiban PPN yang terutang (bukan sebagai Pajak Masukan, melainkan sebagai pembayaran yang seharusnya tidak terutang). Atas dasar ketidaktepatan metode koreksi DJP inilah, Majelis Hakim mengabulkan seluruhnya banding PT GCPI. Putusan ini memberikan pelajaran krusial bagi Wajib Pajak dan DJP. Bagi Wajib Pajak, ini menjadi peringatan bahwa sengketa PPh Transfer Pricing akan selalu berimplikasi pada PPN PJLN. Strategi litigasi Wajib Pajak dalam kasus PPN harus bergeser: jika PPh Badan royalti telah diputus nihil, fokus litigasi PPN adalah memastikan bahwa SSP PPN yang terlanjur dibayarkan (sebagai bukti penyetoran) diperhitungkan sebagai kelebihan pembayaran atau pajak yang seharusnya tidak terutang, dan bukan hanya diperdebatkan sebagai Pajak Masukan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini
tpc.consulting 
tpc.consulting 
info@taxindo.co.id