Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas ekspor seringkali terjebak dalam formalitas dokumen pabean tanpa menyentuh substansi ekonomi transaksi. Dalam sengketa PT HI (Masa Pajak Agustus 2020), Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi DPP PPN senilai Rp31,3 miliar karena terdapat perbedaan nilai antara data Pemberitahuan Ekspor Barang (PEB) pada sistem pabean dengan nilai yang dilaporkan dalam SPT Masa PPN. DJP berpegang teguh pada prinsip bahwa data yang divalidasi oleh Bea Cukai adalah kebenaran mutlak.
Konflik utama muncul ketika PT HI membela diri dengan argumentasi akuntansi perpajakan yang menggunakan prinsip accrual basis. PT HI menjelaskan bahwa perbedaan nilai tersebut bukanlah omzet yang tidak dilaporkan, melainkan dampak dari perbedaan kurs antara saat penerbitan invoice dan saat pendaftaran PEB, serta adanya barang yang dikirim dalam periode berbeda namun masih dalam satu rangkaian transaksi. Perselisihan ini mempertentangkan kepastian administratif (PEB) dengan realitas transaksi (Invoice & B/L).
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil posisi yang mengutamakan kebenaran materiil di atas formalitas administratif. Setelah melakukan bedah dokumen secara rinci—termasuk memeriksa Bill of Lading dan arus piutang usaha—Majelis menemukan bahwa seluruh barang yang dikoreksi memang benar-benar telah keluar dari daerah pabean. Majelis berpendapat bahwa selisih tersebut adalah fenomena timing difference dan fluktuasi kurs yang tidak dapat dihindari.
Putusan ini menegaskan kembali pentingnya bukti pendukung eksternal seperti Bill of Lading dalam membuktikan terjadinya penyerahan barang di luar daerah pabean. Eksportir disarankan untuk selalu menyediakan rekonsiliasi nilai kurs antara tanggal invoice dan pendaftaran PEB sebagai bagian dari kepatuhan proaktif. Sistem akuntansi yang konsisten dapat mengalahkan koreksi otomatis berbasis data ekualisasi pabean.