Otoritas pajak sering kali melakukan koreksi PPN Pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Daerah Pabean hanya berdasarkan data bruto transaksi afiliasi pada SPT PPh Badan. Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-003199.16/2024/PP/M.VIB menjadi preseden krusial yang menegaskan bahwa tidak semua aliran dana ke luar negeri merupakan objek pajak, terutama dalam skema reimbursement murni.
Inti konflik dalam kasus PT EI berpusat pada metodologi Terbanding yang memukul rata seluruh nilai transaksi afiliasi sebagai objek PPN JLN. Terbanding menggunakan selisih data Lampiran 3A SPT PPh Badan tanpa melakukan analisis mendalam atas karakter setiap transaksi. Di sisi lain, Wajib Pajak secara argumentatif mampu membuktikan bahwa sebagian nilai tersebut adalah pendapatan (revenue) dan sebagian lainnya adalah penggantian biaya operasional (reimbursement) yang dibayarkan terlebih dahulu kepada pihak ketiga di luar negeri.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya mengedepankan prinsip substansi ekonomi (substance over form). Berdasarkan pemeriksaan bukti invoice asli dari vendor pihak ketiga dan perjanjian kerjasama, Majelis menyimpulkan bahwa tidak ada nilai tambah yang diberikan oleh pihak afiliasi. Karena tidak ada penyerahan jasa dari pihak afiliasi kepada Wajib Pajak dalam negeri, maka kriteria pemanfaatan JKP dari luar daerah pabean sesuai Pasal 4 ayat (1) UU PPN tidak terpenuhi.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak untuk memperkuat dokumentasi intercompany charge. Pemisahan yang jelas antara tagihan jasa manajemen dan tagihan reimbursement murni (cost-to-cost) menjadi kunci keberhasilan dalam menghadapi audit. Kemenangan mutlak Wajib Pajak dalam kasus ini membuktikan bahwa validitas bukti invoice pihak ketiga jauh lebih kuat dibandingkan sekadar penyandingan data administratif.