Pemeriksa pajak sering kali melakukan koreksi atas retur penjualan dari pembeli Non-Pengusaha Kena Pajak (Non-PKP) dengan alasan dokumen tidak memenuhi syarat formal sesuai PMK-65/PMK.03/2010. Dalam kasus PT SNS, Terbanding mengoreksi retur karena nota retur dianggap cacat secara administrasi, meskipun substansi ekonomi menunjukkan bahwa barang telah benar-benar kembali dan tercatat secara akurat.
Inti konflik terletak pada benturan antara formalitas administrasi nota retur dengan fakta materiil transaksi. Pemohon Banding menegaskan bahwa keterbatasan fitur e-SPT yang tidak menyediakan menu input retur Non-PKP tidak boleh menghilangkan hak Wajib Pajak. Selain itu, pembeli Non-PKP sering kali tidak memahami teknis pengisian nota retur secara sempurna sebagaimana diatur dalam regulasi yang ketat.
Majelis Hakim menyatakan bahwa kesalahan administrasi oleh pembeli tidak seharusnya meniadakan fakta bahwa retur barang benar-benar terjadi. Hakim menekankan bahwa selama arus barang dan arus dokumen pendukung lainnya (seperti surat jalan retur dan kartu stok) dapat dibuktikan, maka koreksi atas retur tersebut harus dibatalkan demi keadilan bagi penjual.
Putusan ini menegaskan kembali prinsip substance over form dalam sengketa PPN. Wajib Pajak diharapkan tetap mendokumentasikan setiap retur dari Non-PKP dengan bukti fisik yang kuat meskipun terdapat kendala sistem pelaporan. Kemenangan ini memberikan kepastian hukum bahwa administrasi yang cacat pada pihak pembeli tidak otomatis menghanguskan validitas pengurangan peredaran usaha di pihak penjual.