Sengketa pajak pada PT KI memuncak saat otoritas pajak melakukan koreksi positif atas pengkreditan Pajak Masukan PPN atas Pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Daerah Pabean (PPN JLN). Persoalan bermula dari pandangan fiskus yang mereklasifikasi biaya jasa manajemen ICT dari afiliasi di Singapura menjadi dividen terselubung, sehingga hak pengkreditan PPN-nya dianggap gugur secara material.
Inti konflik terletak pada interpretasi syarat material pengkreditan Pajak Masukan sesuai Pasal 13 ayat (9) UU PPN. Terbanding (DJP) berargumen bahwa karena biaya tersebut telah dikoreksi dalam PPh Badan berdasarkan analisis Transfer Pricing (tidak lulus uji eksistensi dan manfaat), maka secara otomatis transaksi jasa tersebut dianggap tidak pernah ada. Di sisi lain, Wajib Pajak menegaskan bahwa jasa ICT benar-benar diterima untuk mendukung operasional dan SSP PPN JLN telah dibayar serta memenuhi syarat dokumen yang dipersamakan dengan Faktur Pajak.
Majelis Hakim memberikan resolusi yang sangat krusial terkait aspek yuridis sengketa turunan. Dalam pertimbangan hukumnya, Hakim menyatakan bahwa dasar koreksi PPN JLN ini sepenuhnya bersandar pada koreksi biaya di PPh Badan. Mengingat dalam putusan sebelumnya (sengketa sumber) Majelis Hakim telah membatalkan koreksi biaya ICT tersebut dan mengakui eksistensinya, maka koreksi PPN JLN ini kehilangan pijakan hukum (legal basis).
Secara analisis, putusan ini menegaskan prinsip konsistensi dalam hukum acara perpajakan. Jika sebuah transaksi telah diakui eksistensinya dalam satu jenis pajak (PPh), maka konsekuensi pajaknya pada jenis pajak lain (PPN) harus mengikuti. Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini menunjukkan pentingnya memenangkan "sengketa sumber" untuk mengamankan posisi dalam sengketa turunan yang berkaitan.
Kasus PT KI menjadi pengingat penting bagi perusahaan multinasional bahwa dokumentasi Transfer Pricing yang kuat tidak hanya melindungi biaya di PPh Badan, tetapi juga mengamankan hak pengkreditan PPN atas transaksi tersebut. Putusan ini mengukuhkan bahwa pembatalan koreksi pada sengketa sumber secara otomatis memulihkan hak-hak perpajakan Wajib Pajak pada aspek lainnya.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini