Sengketa ini bermula ketika Tergugat menerbitkan Surat Tagihan Pajak (STP) PPN terhadap PT DOF atas keterlambatan penerbitan Faktur Pajak Masa September 2022, yang kemudian dikukuhkan melalui penolakan permohonan pembatalan ketetapan pajak berdasarkan Pasal 36 ayat (1) huruf c UU KUP. Penggugat merupakan perusahaan yang bergerak di industri pengolahan minyak nabati yang dalam operasionalnya mengalami kendala teknis pada sistem e-Faktur serta kondisi internal manajemen yang menyebabkan dokumen perpajakan tidak terbit tepat waktu. Inti konflik hukum terletak pada rigiditas Tergugat dalam menerapkan sanksi administrasi Pasal 14 ayat (4) UU KUP berbanding terbalik dengan argumen Penggugat yang menekankan pada ketiadaan niat jahat (mens rea) serta pemenuhan kewajiban pembayaran pajak yang tetap dilakukan secara tepat waktu.
Dalam persidangan, Majelis Hakim melakukan penelaahan mendalam terhadap substansi kepatuhan Penggugat. Meskipun secara formal Tergugat memiliki wewenang menerbitkan STP, Majelis Hakim memberikan resolusi yang mengedepankan asas keadilan (equity) dalam hukum perpajakan. Pendapat hukum Majelis menegaskan bahwa karena Penggugat telah menyetorkan seluruh PPN terutang dan melaporkannya tanpa merugikan pendapatan negara, maka pengenaan sanksi administrasi yang bersifat punitif menjadi tidak relevan dan tidak berkeadilan.
Keputusan ini berimplikasi pada penguatan perlindungan bagi Wajib Pajak yang memiliki iktikad baik namun terhambat oleh batasan teknis sistemik. Kesimpulannya, Pengadilan Pajak memerintahkan pembatalan total atas sanksi tersebut, memberikan preseden penting bahwa substansi material dan keadilan dapat melampaui formalitas administratif dalam hal pembatalan ketetapan pajak yang tidak benar.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini