Sengketa pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari luar daerah pabean seringkali terjebak pada formalitas administratif yang kaku, sebagaimana dialami oleh PT TNCI dalam perkara nomor PUT-004310.16/2021/PP/M.IIA. Inti konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi atas Pajak Masukan senilai Rp 90.800.401 karena Pemohon Banding dianggap salah mengisi identitas pada Surat Setoran Pajak (SSP). Terbanding bersikukuh bahwa berdasarkan PMK Nomor 40/PMK.03/2010, kolom NPWP dan identitas pada SSP seharusnya diisi dengan identitas penyedia jasa luar negeri, bukan identitas Wajib Pajak dalam negeri.
Namun, PT TNCI memberikan bantahan kuat bahwa meskipun terdapat kesalahan pengisian kolom identitas, secara substansi pajak tersebut telah dipungut, disetor ke kas negara dengan bukti NTPN yang sah, dan dilaporkan dalam SPT Masa PPN. Pemohon Banding menegaskan bahwa kesalahan tersebut murni bersifat administratif dan tidak menyebabkan kerugian pada pendapatan negara. Merujuk pada Nota Dinas ND-1225/PJ.02/2019, penyimpangan administratif semacam ini seharusnya tidak menggugurkan hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya mengambil sikap progresif dengan mengedepankan asas substance over form. Hakim menegaskan bahwa syarat pengkreditan Pajak Masukan diatur secara limitatif dalam UU PPN, sementara PMK-40 lebih bersifat mengatur tata cara administratif penyetoran. Karena fakta persidangan membuktikan bahwa uang pajak telah benar-benar masuk ke kas negara dan transaksi tersebut nyata adanya, Majelis Hakim berpendapat bahwa keadilan harus ditegakkan di atas prosedur yang bersifat administratif semata.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak bahwa kesalahan teknis dalam pengisian dokumen perpajakan tidak serta-merta menghilangkan hak substantif Wajib Pajak. Putusan ini memperkuat posisi bahwa selama pajak telah dibayar dan dapat dibuktikan dengan NTPN, maka hak pengkreditan harus tetap diakui. Hal ini sejalan dengan Pasal 5 ayat (1) UU Kekuasaan Kehakiman yang mewajibkan hakim untuk menggali nilai-nilai keadilan yang hidup dalam masyarakat.
Kesimpulannya, sengketa ini berakhir dengan pembatalan seluruh koreksi Terbanding. Kasus ini menjadi pengingat bagi otoritas pajak untuk tidak hanya terpaku pada aspek formal, serta bagi Wajib Pajak untuk lebih teliti namun tetap berani memperjuangkan haknya jika secara substansi telah memenuhi kewajiban perpajakan.