Sengketa PPN Masa Pajak November 2020 antara PT RI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menyoroti dua isu fundamental: prosedur penerbitan Keputusan Pembetulan dan substansi pemungutan PPN oleh pihak ketiga. Konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas Penyerahan yang PPN-nya Harus Dipungut Sendiri melalui mekanisme reklasifikasi. Terbanding beralih dari argumentasi awal mengenai NTPN yang tidak teridentifikasi menjadi alasan "tidak ada bukti setor dari lawan transaksi" saat proses persidangan. Namun, langkah Terbanding menerbitkan Keputusan Pembetulan (KEP-NKEB) setelah jangka waktu 12 bulan Pasal 26 UU KUP dan saat proses banding sedang berjalan menjadi titik lemah prosedural yang fatal.
Inti konflik materiil terletak pada perbedaan pandangan mengenai tanggung jawab penyetoran PPN untuk transaksi dengan Pemungut PPN (kode faktur 020/030). Terbanding bersikukuh bahwa tanpa bukti setoran di sistem mereka, penyerahan tersebut harus dikategorikan sebagai penyerahan yang dipungut sendiri oleh PT RI. Di sisi lain, PT RI sebagai Pemohon Banding memberikan bukti kuat berupa Invoice dan Faktur Pajak yang telah dilaporkan dengan benar. Pemohon Banding menegaskan bahwa berdasarkan Pasal 16A UU PPN, kewajiban memungut dan menyetor PPN pada transaksi dengan Bendaharawan atau BUMN berada sepenuhnya di tangan pemungut tersebut, bukan pada penyedia barang/jasa.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menyatakan bahwa Keputusan Pembetulan yang diterbitkan Terbanding melampaui batas waktu 12 bulan sejak keberatan diterima adalah tidak sah dan harus dibatalkan demi hukum. Secara substansi, Majelis menilai bahwa PT RI telah memenuhi kewajiban formalnya. Kegagalan sistem atau kelalaian pemungut dalam menyetor pajak tidak boleh dibebankan kepada Wajib Pajak penjual melalui koreksi Pajak Keluaran. Majelis menekankan bahwa DJP seharusnya mengejar setoran pajak tersebut kepada pihak pemungut yang memiliki kewajiban undang-undang, bukan melakukan reklasifikasi secara sepihak terhadap PT RI.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi kepastian hukum di Indonesia. Pertama, ia menegaskan bahwa DJP tidak dapat menggunakan dalih pembetulan untuk mengubah substansi sengketa di luar koridor waktu yang diatur UU KUP. Kedua, putusan ini memperkuat perlindungan bagi Wajib Pajak dari ancaman tanggung jawab renteng yang tidak tepat sasaran pada transaksi dengan pemungut PPN. Kesimpulannya, hak tagih negara atas PPN yang belum setor harus ditujukan kepada subjek pajak yang menurut undang-undang wajib melakukan penyetoran, sehingga keadilan bagi pengusaha kena pajak tetap terjaga.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini