Mematuhi persyaratan formalitas Faktur Pajak saja tidak lagi memadai bagi Pengusaha Kena Pajak (PKP) untuk mengkreditkan Pajak Masukan (PM) dalam kerangka rezim Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai. Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-010036.16/2021/PP/M.XVIIIA Tahun 2025 yang melibatkan PT JS menunjukkan bahwa sengketa PPN Masukan telah bergeser dari isu legalitas semata menuju penekanan kuat pada substansi transaksi ekonomi dan pemenuhan syarat material. Sengketa ini berawal dari koreksi Direktur Jenderal Pajak (DJP) atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN senilai Rp 1.372.000.000,00, yang didasarkan pada dugaan ketidakabsahan PM karena tidak memenuhi persyaratan formal dan material, di mana sebagian besar koreksi bersinggungan dengan ketidakmampuan Wajib Pajak dalam membuktikan adanya flow of goods dan flow of fund.

Inti Konflik: Legalitas Vendor versus Pembeli Beritikad Baik

Inti konflik yang dihadapi oleh PT JS adalah pertarungan untuk meyakinkan Majelis Hakim bahwa Pajak Masukan yang dikreditkan berasal dari transaksi nyata dan berhubungan langsung dengan kegiatan usaha perusahaan. DJP berargumen bahwa adanya indikasi Faktur Pajak fiktif atau status Non-Efektif (NE) dari Penjual sudah cukup menjadi dasar koreksi, sejalan dengan Pasal 9 ayat (8) UU PPN. Di sisi lain, Wajib Pajak berupaya membantah dengan menyajikan dokumen internal seperti kontrak, invoice, dan bukti transfer dana, bersikeras bahwa ia bertindak sebagai pembeli beritikad baik yang tidak seharusnya menanggung risiko ketidakpatuhan supplier.

Resolusi Majelis Hakim dan Pengujian Beban Pembuktian

Dalam resolusinya, Majelis Hakim mengambil sikap yudisial yang hati-hati. Majelis mengamini bahwa burden of proof atau beban pembuktian berada di pihak Pemohon Banding, sesuai amanat Pasal 27 ayat (4) Undang-Undang KUP. Setelah melakukan pengujian silang terhadap seluruh bukti yang diserahkan, Majelis Hakim membatalkan koreksi untuk pos-pos yang Pemohon Banding berhasil buktikan secara material (adanya bukti pembayaran dan penerimaan barang/jasa yang meyakinkan). Namun, koreksi tetap dipertahankan untuk Pajak Masukan yang bukti pendukungnya lemah atau Penjualnya terindikasi kuat berada dalam Daftar Hitam DJP.

Analisis Implikasi dan Strategi Due Diligence Vendor

Implikasi signifikan dari putusan Kabul Sebagian ini adalah konfirmasi terhadap pendekatan DJP yang mengutamakan substansi (material) di atas formalitas dalam penentuan hak pengkreditan PPN Masukan. Wajib Pajak harus belajar bahwa memiliki Faktur Pajak yang formatnya benar tidak menjamin keabsahan PM jika di kemudian hari transaksi yang mendasarinya diragukan. Oleh karena itu, strategi perpajakan kini harus mencakup prosedur due diligence vendor yang ketat dan sistem dokumentasi berlapis untuk setiap pembelian, memastikan adanya korelasi yang jelas antara biaya input dengan output yang terutang PPN. Kegagalan dalam menjaga audit trail yang sempurna berpotensi besar menyebabkan perselisihan di tahap litigasi.

Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini