Direktur Jenderal Pajak melakukan koreksi atas penghasilan neto PT AKPI tahun pajak 2012 sebesar Rp 29.809.110.824 dengan dalih transaksi afiliasi tidak memenuhi Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU). Inti konflik bermula dari perbedaan fundamental dalam pemilihan metode transfer pricing, di mana Terbanding (DJP) menerapkan Resale Price Method (RPM) karena menganggap entitas afiliasi di Malaysia hanya berfungsi sebagai distributor tanpa nilai tambah. Sebaliknya, Pemohon Banding mempertahankan penggunaan Transactional Net Margin Method (TNMM) sebagaimana terdokumentasi dalam TP Documentation, dengan argumen bahwa terdapat perbedaan spesifikasi teknis produk yang signifikan yang tidak dapat diakomodasi oleh metode RPM di tingkat laba kotor.
Majelis Hakim dalam resolusinya memberikan pendapat hukum bahwa pemilihan metode harus didasarkan pada tingkat keandalan data pembanding dan analisis fungsional yang mendalam. Majelis menilai penggunaan TNMM oleh Pemohon Banding lebih tepat karena metode ini lebih toleran terhadap perbedaan fitur produk dibandingkan RPM yang sangat sensitif terhadap kesamaan barang. Namun, berdasarkan pemeriksaan bukti material, Majelis menemukan bahwa margin operasional Pemohon pada transaksi tertentu masih berada di bawah rentang kuartil bawah pembanding yang valid. Implikasinya, Majelis melakukan kalkulasi ulang yang menghasilkan keputusan "Kabul Sebagian". Putusan ini menegaskan pentingnya akurasi dalam pemilihan metode dan ketersediaan data pembanding yang apple-to-apple untuk mempertahankan posisi wajib pajak dalam sengketa harga transfer.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini