Sengketa bermula ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi atas Pajak Masukan PT MRP senilai Rp221.439.006,00 dengan dalih formalitas yang tidak terpenuhi akibat jawaban klarifikasi "Tidak Ada" dari KPP lawan transaksi. Mengacu pada Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-754/PJ./2001, otoritas pajak menegaskan bahwa ketiadaan konfirmasi dalam sistem otomasi perpajakan secara otomatis menggugurkan hak pengkreditan Pajak Masukan bagi Wajib Pajak pembeli. Namun, PT MRP meluncurkan bantahan berbasis Pasal 33 UU KUP, menekankan bahwa kegagalan administratif atau wanprestasi pelaporan oleh pemasok tidak boleh membatalkan hak konstitusional pembeli yang telah melunasi PPN secara nyata.
Inti konflik hukum ini terletak pada pertentangan antara kebenaran formal sistemik melawan kebenaran material transaksional. DJP bersikeras pada validasi sistem, sementara Wajib Pajak berfokus pada bukti konkret pembayaran dan penerimaan barang. Dalam persidangan, Majelis Hakim XVIB melakukan pengujian mendalam terhadap bukti arus uang berupa rekening koran dan bukti transfer bank, serta bukti arus barang berupa surat jalan dan invoice. Majelis berpendapat bahwa jawaban klarifikasi hanyalah instrumen pengawasan internal DJP yang tidak dapat mengalahkan bukti material bahwa pajak telah dipungut oleh penjual dari pembeli.
Resolusi hukum ini berujung pada pengabulan seluruh permohonan banding PT MRP. Majelis Hakim menegaskan bahwa selama Wajib Pajak dapat membuktikan terjadinya transaksi secara riil melalui arus uang dan barang, maka hak pengkreditan Pajak Masukan tetap dilindungi hukum, meskipun terdapat kendala pada pelaporan pemasok. Implikasi dari putusan ini memperkuat posisi Wajib Pajak dalam menghadapi koreksi "tanggung jawab renteng" yang seringkali diterapkan secara kaku oleh otoritas pajak tanpa melihat substansi ekonomi di balik transaksi tersebut.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini