Proses Pemeriksaan Keberatan di Direktorat Jenderal Pajak (DJP) merupakan tahap upaya hukum pertama yang ditempuh oleh Wajib Pajak dalam mencari keadilan apabila tidak setuju dengan dengan hasil ketetapan pajak dari DJP. Berbeda dengan upaya Banding dan Gugatan yang diperiksa di Pengadilan Pajak, proses Keberatan dilakukan di lingkup internal/administrasi DJP.
Ketentuan terkait pelaksanaan Keberatan secara umum diatur dalam Pasal 25 dan Pasal 26 Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP) sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan UU Nomor 6 Tahun 2023 (UU Cipta Kerja), serta diatur secara teknis dalam Peraturan Menteri Keuangan (PMK) No. 9/PMK.03/2013 (PMK 9/2013) s.t.d.d PMK No. 15/PMK.03/2018 (PMK 15/2018). Adapun tahapan pemeriksaan dan dokumen-dokumen yang harus disiapkan oleh Wajib Pajak adalah sebagai berikut:
Secara keseluruhan, proses keberatan di DJP memiliki batas waktu penyelesaian maksimal 12 bulan sejak Surat Keberatan diterima. Proses ini dijalankan oleh tim independen di DJP yang disebut Tim Peneliti Keberatan (bukan oleh pemeriksa pajak yang menerbitkan SKP Wajib Pajak).
Pertama, Wajib Pajak menyampaikan Surat Keberatan ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) di mana Wajib Pajak terdaftar. Adapun jangka waktu pengajuannya adalah 3 bulan sejak tanggal dikirimnya Surat Ketetapan Pajak (SKP) atau sejak tanggal pemotongan/pemungutan pajak oleh pihak ketiga, kecuali Wajib Pajak dapat menunjukkan bahwa jangka waktu tersebut tidak dapat dipenuhi karena keadaan di luar kekuasaannya (Force Majeure). Adapun SKP yang dapat diajukan Keberatan adalah sebagai berikut:
a. Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar;
b. Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan;
c. Surat Ketetapan Pajak Nihil;
d. Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar; atau
e. pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan.
Sebelum menyampaikan Surat Keberatan, Wajib Pajak juga harus melunasi pajak yang masih harus dibayar paling sedikit sejumlah yang telah disetujui Wajib Pajak dalam pembahasan akhir hasil pemeriksaan.
Berdasarkan Pasal 25 ayat (2) UU KUP, Keberatan harus diajukan secara tertulis dalam bahasa Indonesia dengan mengemukakan jumlah pajak yang terutang, jumlah pajak yang dipotong atau dipungut, atau jumlah rugi menurut penghitungan Wajib Pajak dengan disertai alasan yang menjadi dasar penghitungan tersebut. setelah DJP melakukan penelitian berkas. Apabila semua syarat formal telah terpenuhi, maka keberatan akan diproses. Namun, jika syarat formal tidak terpenuhi, maka Surat Keberatan dianggap tidak diajukan dan tidak dipertimbangkan.
Tim Peneliti Keberatan DJP kemudian akan meminjam buku, catatan, dan dokumen pendukung Wajib Pajak melalui Surat Permintaan Peminjaman Buku, Catatan, dan Dokumen. Tim Peneliti juga akan mengirimkan Surat Pemberitahuan Untuk Hadir (SPUH) yang dilampiri dengan Surat Pemberitahuan Hasil Penelitian Sengketa Keberatan (SPUL) sebelum keputusan akhir diterbitkan.
Selama proses Keberatan berlangsung, Wajib Pajak berhak hadir dalam persidangan internal (Hearing) bersama Tim Peneliti Keberatan untuk menyampaikan sanggahannya terhadap SPUL, memberikan klarifikasi, dan menunjukkan bukti-bukti kuat dari pembukuannya yang belum atau salah dipertimbangkan oleh Pemeriksa Pajak sebelumnya.
Setelah itu, Direktur Jenderal Pajak harus memberi keputusan atas keberatan yang diajukan dalam jangka waktu paling lama 12 bulan sejak tanggal Surat Keberatan diterima. Keputusan tersebut dapat berupa: menerima seluruhnya, menerima sebagian, menolak, atau menambah besarnya jumlah pajak yang terutang.
Penting untuk dicatat bahwa berdasarkan Pasal 26 ayat (5) UU KUP, apabila Direktur Jenderal Pajak tidak memberi keputusan dalam jangka waktu 12 bulan, maka keberatan yang diajukan oleh Wajib Pajak akan dianggap dikabulkan dan DJP wajib menerbitkan SK KBP sesuai permohonan Wajib Pajak. Sementara itu, apabila Wajib Pajak merasa tidak puas atau menolak isi dari Surat Keputusan Keberatan (SK KBP) yang dikeluarkan oleh DJP, maka Wajib Pajak dapat mengajukan Banding ke Pengadilan Pajak dalam jangka waktu 3 bulan sejak SK KBP diterima.
Sementara itu, dokumen-dokumen yang harus disiapkan oleh Wajib Pajak dalam mengajukan Keberatan diantaranya meliputi:
ditulis dalam bahasa Indonesia, diajukan kepada Direktur Jenderal Pajak (melalui KPP terdaftar), memuat alasan-alasan yang jelas mengenai perhitungan pajak menurut Wajib Pajak, serta diajukan terpisah untuk masing-masing SKP (Surat Ketetapan Pajak) atau pemotongan/pemungutan.
melampirkan salinan SKPKB, SKPKBT, SKPLB, SKPN, atau bukti pemotongan/pemungutan oleh pihak ketiga yang didebat nilainya.
Wajib Pajak harus melunasi terlebih dahulu sejumlah yang telah disetujui dalam Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan (PAHP) sebelum Surat Keberatan disampaikan.
apabila Wajib Pajak diwakili oleh Konsultan Pajak atau Kuasa Hukum.
meliputi dokumen akuntansi, ledger, invoice, kontrak, Rekening Koran, atau catatan lain yang menjadi dasar argumentasi perhitungan versi Wajib Pajak.