Saat ini, Pengadilan Pajak belum sepenuhnya berada di bawah Mahkamah Agung (MA), namun sedang menjalani masa transisi menuju peralihan total di bawah MA. Secara hukum, proses pengalihan ini sudah diketok palu sejak tahun 2023 melalui Putusan Mahkamah Konstitusi (MK) 26/PUU-XXI/2023.
Sebelum adanya putusan MK, Pengadilan Pajak memiliki sistem pembinaan ganda yang sering memicu perdebatan soal independensi terkait:
Oleh karena itu, banyak pihak yang menilai sistem ini dapat menimbulkan konflik kepentingan karena Kementerian Keuangan (Kemenkeu) melalui DJP atau Ditjen Bea Cukai adalah pihak yang berperkara di Pengadilan Pajak, namun di saat yang sama mereka juga mengelola anggaran dan administrasi Pengadilan Pajak.
Untuk itu, MK memutuskan bahwa seluruh fungsi pembinaan Pengadilan Pajak harus disatukan di bawah satu atap, yaitu di bawah MA. Meski demikian, MK masih memberikan waktu untuk melakukan transisi agar proses pemindahan aset, anggaran, personil, dan dokumen dari Kemenkeu ke MA bisa berjalan lancar tanpa mengganggu proses persidangan yang sedang berjalan.
Saat Pengadilan Pajak nanti resmi dan sepenuhnya berada di bawah payung Mahkamah Agung (MA) setelah masa transisi selesai, pastinya akan ada perubahan struktural dan fundamental yang cukup besar. Adapaun beberapa perubahan yang dapat terjadi di antaranya seperti:
Sebagaimana yang telah dijelaskan di atas, selama ini terdapat kekhawatiran adanya konflik kepentingan karena Kemenkeu sebagai pihak yang berperkara juga mengelola anggaran dan administrasi Pengadilan Pajak. Maka dari itu, dengan menempatkan Pengadilan Pajak di bawah MA, maka Wajib pajak (masyarakat/Badan Hukum) tentunya akan merasa diperlakukan lebih adil karena perkara mereka akan diadili oleh pihak ketiga yang benar-benar netral.
Dengan memindahkan Pengadilan Pajak di bawah naungan MA, maka akan memudahkan pelaksanaan sistem pengawasan terhadap integritas hakim pajak, sehingga menjadi lebih ketat dan berlapis. Hakim pajak akan tunduk sepenuhnya pada Kode Etik dan Pedoman Perilaku Hakim (KEPPH) yang diawasi langsung oleh Badan Pengawasan MA dan Komisi Yudisial (KY).
Di bawah satu atap MA, maka koordinasi teknis yurisprudensi (kumpulan putusan hakim terdahulu) antara Pengadilan Pajak (tingkat pertama) dan Majelis Agung Kamar Tata Usaha Negara di MA (tingkat Peninjauan Kembali/PK) akan menjadi lebih selaras. Hal ini akan mengurangi risiko adanya putusan-putusan yang saling bertolak belakang (disparitas putusan) untuk kasus sengketa pajak yang serupa.
Pada dasarnya, pemindahan ini diharapkan akan menciptakan iklim Pengadilan yang lebih efisien dan kondusif. Meski demikian bukan berarti ini tanpa tantangan. Dalam proses transisi, tidak selalu berjalan mulus 100% karena para pihak di dalamnya harus beradaptasi terhadap budaya kerja yang berbeda. Pegawai dan hakim yang terbiasa dengan ritme dan fasilitas Kemenkeu (eksekutif) harus menyesuaikan diri dengan budaya, regulasi, dan sistem remunerasi yang ada di lingkungan MA (yudikatif). Oleh karena itu, masa transisi ini penting agar tujuan pemindahan ini tercapai.