Sengketa ini bermula ketika Suku Badan Pajak dan Retribusi Daerah Jakarta Pusat menetapkan SPPT PBB-P2 tahun 2017 atas objek pajak milik Yayasan P dengan nilai pajak terutang mencapai ratusan juta rupiah. Inti konflik berpusat pada perbedaan interpretasi terhadap Pasal 77 ayat (3) huruf b UU PDRD yang mengecualikan objek pajak untuk pendidikan yang "tidak dimaksudkan untuk mencari keuntungan". Terbanding (DJP/Pemda) bersikeras bahwa Yayasan memiliki surplus aset bersih yang sangat besar, mencapai Rp164 miliar, yang mengindikasikan aktivitas profit-oriented. Sementara itu, Wajib Pajak (WP) membantah dengan argumen bahwa status mereka adalah yayasan nirlaba sesuai UU Yayasan, di mana seluruh sisa lebih ditanamkan kembali untuk sarana pendidikan, sehingga secara substansi tidak mencari keuntungan pribadi.
Majelis Hakim dalam resolusinya memberikan pandangan hukum yang tajam bahwa status "nirlaba" secara legal formal dalam akta pendirian tidak serta-merta memberikan pembebasan pajak secara otomatis. Hakim menilai bahwa secara materiil, Yayasan memperoleh penghasilan neto komersial yang signifikan dan layanan pendidikannya cenderung eksklusif bagi golongan menengah ke atas, sehingga unsur "melayani kepentingan umum" tidak terpenuhi secara utuh. Putusan ini menegaskan bahwa untuk mendapatkan pengecualian PBB, sebuah lembaga pendidikan harus benar-benar membuktikan ketiadaan motif komersial baik secara administratif maupun faktual di lapangan.
Implikasi dari putusan ini menjadi peringatan bagi yayasan pendidikan di Indonesia bahwa akumulasi surplus yang besar tanpa alokasi sosial yang luas dapat menggugurkan fasilitas pengecualian pajak. Wajib Pajak disarankan untuk memperkuat dokumentasi operasional yang menunjukkan aspek pelayanan publik dibandingkan sekadar pemenuhan formalitas UU Yayasan. Penolakan banding ini menciptakan preseden bahwa otoritas pajak daerah memiliki wewenang luas dalam menguji substansi ekonomi dari sebuah lembaga nirlaba.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini