Sengketa pengkreditan Pajak Masukan (PM) seringkali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak (WP), terutama ketika melibatkan transaksi jasa melalui perantara atau forwarder. Kasus PT AFI menunjukkan bahwa koreksi Terbanding yang didasarkan semata-mata pada hasil konfirmasi negatif dan perbedaan identitas pembayar dalam arus uang dapat dibatalkan apabila WP mampu membuktikan eksistensi transaksi secara material dan formal sesuai regulasi yang berlaku. Inti konflik bermula ketika Terbanding menolak pengkreditan PPN atas jasa kepelabuhanan karena invoice diterbitkan oleh pihak ketiga (JICT), sementara pembayaran dilakukan melalui forwarder, ditambah dengan adanya konfirmasi negatif dari sistem DJP.
Terbanding berargumen bahwa berdasarkan Pasal 13 ayat (9) UU PPN, faktur pajak harus memenuhi persyaratan formal dan material. Karena lawan transaksi tidak melaporkan faktur tersebut dan terdapat ketidaksinkronan arus uang (pembayaran ke forwarder, bukan langsung ke penerbit faktur), maka PM tersebut tidak dapat dikreditkan. Sebaliknya, PT AFI menegaskan bahwa praktik pembayaran melalui forwarder adalah hal lazim dalam industri logistik. Berdasarkan Pasal 16F UU PPN dan Pasal 4 PP Nomor 1 Tahun 2012, pembeli tidak dapat dibebani tanggung jawab renteng jika dapat membuktikan pembayaran pajak telah dilakukan.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menyatakan bahwa nota penjualan jasa kepelabuhanan merupakan dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sesuai PER-13/PJ/2019. Majelis menekankan bahwa kebenaran material transaksi lebih utama daripada sekadar status pelaporan oleh lawan transaksi. Selama WP dapat menunjukkan bukti arus barang/jasa dan arus uang yang valid kepada perantara yang ditunjuk, maka hak pengkreditan PM tetap melekat pada WP. Kelalaian lawan transaksi dalam melaporkan PPN adalah ranah pengawasan DJP terhadap pihak penerbit, bukan beban pembeli.
Putusan ini memberikan kepastian hukum bagi pelaku industri yang menggunakan jasa kepelabuhanan melalui pihak ketiga. Implikasinya, DJP tidak dapat serta merta menggunakan argumen tanggung jawab renteng atau konfirmasi negatif untuk membatalkan pengkreditan PM jika WP memiliki bukti bayar yang kuat. Kesimpulannya, tertib administrasi dalam menyimpan bukti korespondensi dengan forwarder dan bukti bayar (seperti bank statement) menjadi kunci vital dalam memenangkan sengketa serupa di masa depan.
Analisa Lengkap dan Komprehensif atas Putusan Ini Tersedia di sini