Penggunaan Metode Pengujian Tidak Langsung oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) dalam penetapan koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Pajak Pertambahan Nilai (PPN) terbukti sah dan didukung oleh yurisprudensi Pengadilan Pajak, menegaskan kembali pentingnya pemenuhan kewajiban pembuktian oleh Wajib Pajak sesuai Pasal 29 ayat (3) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP). Dalam kasus sengketa PPN Koreksi DPP (PPN-A1) yang melibatkan PT LSS, Majelis Hakim secara tegas menolak Banding Wajib Pajak, yang mempermasalahkan koreksi atas Penyerahan yang PPN-nya Harus Dipungut Sendiri. Putusan ini menyoroti bagaimana kegagalan menyerahkan dokumen operasional vital, seperti Laporan Produksi Harian, memberikan ruang bagi DJP untuk menggunakan data eksternal, bahkan data dari jenis pajak lain, sebagai alat penentuan omzet.
Inti konflik dalam sengketa ini berpusat pada validitas sumber data yang digunakan DJP. Terbanding berargumen bahwa karena Pemohon Banding dianggap tidak kooperatif dalam menyerahkan Laporan Produksi yang diminta, Pemeriksa terpaksa mengaplikasikan Metode Tidak Langsung. Metode ini lantas menggunakan data Produktivitas Kebun yang dilaporkan sendiri oleh Pemohon Banding dalam Surat Pemberitahuan Objek Pajak (SPOP) Pajak Bumi dan Bangunan (PBB) Tahun 2016 sebagai standar kewajaran omzet. Rekonsiliasi antara potensi produksi di SPOP PBB dengan realisasi penyerahan PPN yang dilaporkan Wajib Pajak menghasilkan selisih yang dikoreksi sebagai tambahan peredaran usaha. Sebaliknya, Pemohon Banding berdalih bahwa SPOP PBB hanya mencerminkan estimasi potensi produksi yang tidak berkorelasi dengan realisasi penjualan dan PPN terutang. Pemohon Banding bersikukuh penurunan produktivitas riil terjadi karena faktor non-operasional, yaitu pergantian manajemen yang mengakibatkan hilangnya akses data operasional.
Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis Hakim menepis seluruh bantahan Pemohon Banding. Majelis berpendapat bahwa dalil kesulitan mendapatkan data akibat pergantian manajemen adalah bantahan yang bersifat normatif dan tidak didukung oleh bukti konkret di persidangan. Hal yang paling memberatkan bagi Wajib Pajak adalah fakta bahwa Pemohon Banding telah menyetujui dan melunasi 11 Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) PPh Final Pasal 4 ayat (2) yang juga didasarkan pada koreksi peredaran usaha yang sama. Bagi Majelis, tindakan pelunasan tersebut secara substansial merupakan pengakuan dan persetujuan implisit terhadap besaran omzet yang telah dikoreksi DJP. Dengan demikian, tidak terdapat alasan yang cukup bagi Pemohon Banding untuk menyanggah koreksi DPP PPN yang merupakan turunan langsung dari koreksi peredaran usaha PPh tersebut.
Implikasi Putusan ini sangat signifikan, terutama bagi Wajib Pajak yang terikat pada kewajiban pelaporan produksi. Putusan ini menjadi preseden penting yang memvalidasi penggunaan SPOP PBB—data yang disajikan oleh Wajib Pajak sendiri untuk tujuan pajak daerah/PBB—sebagai alat bukti sah oleh DJP dalam sengketa PPN dan PPh. Pelajaran pentingnya adalah Wajib Pajak harus menjamin konsistensi data lintas jenis pajak dan memprioritaskan penyediaan dokumen primer, seperti laporan produksi, untuk menghindari penggunaan metode asumtif yang merugikan. Kegagalan mempertahankan posisi hukum yang konsisten antara sengketa PPh dan PPN terbukti menjadi faktor penentu kekalahan Wajib Pajak.
Kasus ini menjadi pengingat tegas bagi perusahaan, khususnya di sektor perkebunan, untuk memastikan sistem dokumentasi operasional dan keuangan terintegrasi dengan baik dan selalu siap untuk pemeriksaan. Ketiadaan satu dokumen kunci dapat berujung pada penggunaan metode non-standar oleh Pemeriksa dan pada akhirnya, penolakan Banding oleh Pengadilan Pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini