Sengketa perpajakan yang berulang kali muncul di Pengadilan Pajak adalah mengenai pembebanan biaya dalam perhitungan Pajak Penghasilan (PPh) Badan, khususnya biaya yang memiliki elemen Pajak Pertambahan Nilai (PPN) Masukan yang tidak dapat dikreditkan. Implementasi ketentuan Pasal 6 ayat (1) dan Pasal 9 ayat (1) Undang-Undang PPh menjadi inti konflik antara Wajib Pajak dengan otoritas pajak, sebagaimana tercermin dalam Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-004378.15/2021/PP/M.XIVB Tahun 2025 yang melibatkan PT MI. Wajib Pajak berpendapat bahwa pengeluaran tersebut merupakan biaya operasional yang wajar dan terkait langsung dengan kegiatan 3M (Mendapatkan, Menagih, dan Memelihara Penghasilan), sementara Direktorat Jenderal Pajak (DJP) bersikukuh bahwa status PPN Masukan yang tidak dapat dikreditkan berimplikasi pada ketidakabsahan pokok pengeluaran sebagai biaya pengurang penghasilan bruto.

Inti Konflik dan Perbedaan Rezim Hukum

Konflik yang mendasari kasus ini berpusat pada koreksi DJP terhadap Kredit Pajak PPh Badan Wajib Pajak. DJP berargumen bahwa biaya yang timbul dari PPN Masukan yang tidak dapat dikreditkan sesuai ketentuan Undang-Undang PPN tidak memenuhi syarat sebagai biaya untuk Mendapatkan, Menagih, dan Memelihara (3M) Penghasilan. DJP berinterpretasi bahwa jika suatu pengeluaran tidak relevan atau tidak diizinkan dalam rezim PPN, maka pengeluaran tersebut secara otomatis menjadi non-deductible dalam rezim PPh. Di sisi lain, Wajib Pajak secara konsisten membantah koreksi ini, menegaskan bahwa kriteria pembebanan biaya dalam PPh (Prinsip 3M) bersifat independen dari kriteria pengkreditan PPN. Wajib Pajak menekankan bahwa seluruh pengeluaran telah didukung oleh bukti yang sah dan memiliki korelasi yang jelas dengan kegiatan operasional perusahaan yang mendatangkan penghasilan.

Pertimbangan Hukum dan Resolusi Majelis Hakim

Dalam menyikapi perbedaan mendasar ini, Majelis Hakim Pengadilan Pajak melakukan pemeriksaan substansial atas bukti-bukti yang diajukan para pihak, berpegangan pada prinsip fundamental bahwa pembebanan biaya dalam PPh Badan wajib memenuhi kriteria kewajaran dan keterkaitan langsung dengan kegiatan 3M. Setelah menguji dokumentasi Wajib Pajak, Majelis menemukan bahwa sebagian besar biaya yang dikoreksi, meskipun berasal dari PPN Masukan yang tidak dapat dikreditkan, terbukti secara faktual merupakan pengeluaran yang diperlukan dalam konteks bisnis Wajib Pajak dan didukung oleh bukti otentik. Dengan demikian, Majelis tidak dapat mempertahankan seluruh koreksi DJP karena dianggap tidak didukung oleh bukti yang memadai dan mengesampingkan pembuktian Wajib Pajak yang kuat.

Analisis Implikasi bagi Dunia Usaha

Implikasi dari putusan Kabul Sebagian ini sangat signifikan bagi dunia usaha. Putusan ini menggarisbawahi pentingnya pemisahan logika antara ketentuan PPN dan PPh. Meskipun PPN Masukan tidak dapat dikreditkan, Wajib Pajak tetap memiliki peluang untuk membebankan pokok pengeluaran tersebut sebagai biaya PPh Badan, asalkan mampu menyajikan dokumentasi yang komprehensif yang membuktikan sifat 3M dari pengeluaran tersebut. Putusan ini berfungsi sebagai preseden kuat yang mengingatkan Wajib Pajak untuk selalu memperkuat kebijakan akuntansi dan prosedur internal mereka, terutama dalam hal pengeluaran yang sering menjadi sengketa, untuk memitigasi risiko audit dan litigasi di masa depan.

Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini