Putusan ini memberikan pelajaran krusial mengenai batas kewenangan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) dalam mengkonversi basis koreksi PPh Badan menjadi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Pajak Pertambahan Nilai (PPN). Meskipun Majelis Hakim mengesahkan metode pemeriksaan tidak langsung (uji arus piutang) yang dilakukan DJP karena PT BNP (Wajib Pajak) tidak kooperatif dalam peminjaman dokumen, Majelis dengan tegas menyatakan bahwa koreksi PPh Badan tersebut tidak serta merta dapat dijadikan dasar pengenaan PPN. Sengketa ini berpusat pada koreksi DPP PPN sebesar Rp57.821.797,00 (Masa April 2016) yang merupakan bagian dari total koreksi DPP PPN tahunan sebesar Rp1.237.222.863,00.
Konflik inti muncul dari metode koreksi DJP yang merupakan equalisasi atas dua pos. Pertama, koreksi peredaran usaha PPh Badan yang berasal dari uji arus piutang (rekening koran) sebesar Rp832.009.079,00. Kedua, equalisasi pendapatan lain-lain laporan keuangan (penjualan seal tabung gas) sebesar Rp405.213.784,00. DJP berargumen bahwa arus uang masuk tersebut, yang tidak dapat dijelaskan PT BNP, merupakan indikasi adanya penyerahan Barang Kena Pajak/Jasa Kena Pajak (BKP/JKP) yang belum dilaporkan dan terutang PPN. Metode tidak langsung ini digunakan karena PT BNP dinilai tidak meminjamkan dokumen, sehingga Pemeriksa wajib menggunakan data yang tersedia (rekening koran).
Di sisi lain, PT BNP membantah keras, menuntut bukti langsung berupa faktur penjualan atau invoice yang menunjukkan adanya penyerahan BKP/JKP. PT BNP berargumen bahwa koreksi berbasis arus uang yang dilakukan untuk PPh Badan tidak memiliki daya ikat hukum yang sama untuk PPN. PPN adalah pajak objektif yang hanya dapat dikenakan atas penyerahan Barang Kena Pajak atau Jasa Kena Pajak, sesuai Pasal 4 ayat (1) Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN).
Majelis Hakim mengambil posisi yang sangat terperinci. Majelis membenarkan tindakan DJP menggunakan metode tidak langsung untuk menetapkan Dasar Pengenaan PPh Badan karena PT BNP tidak kooperatif, sehingga koreksi PPh Badan dipertahankan. Namun, dalam konteks PPN, Majelis berpihak pada PT BNP. Majelis secara eksplisit menyatakan bahwa DJP gagal memenuhi beban pembuktiannya.
DJP tidak mampu memberikan bukti yang valid yang menunjukkan bahwa setiap arus uang yang dikoreksi, meskipun dianggap omzet PPh, secara substantif merupakan penyerahan BKP/JKP. Oleh karena DJP gagal membuktikan terpenuhinya unsur Pasal 4 ayat (1) UU PPN, Majelis Hakim memutuskan untuk mengabulkan seluruh banding, membatalkan koreksi DPP PPN, dan mengembalikan PPN Kurang Bayar PT BNP menjadi nihil. Keputusan ini menekankan pentingnya bagi DJP untuk memisahkan secara ketat dasar penetapan PPh (omzet) dan PPN (penyerahan BKP/JKP) dalam setiap koreksi yang berasal dari metode tidak langsung.