Koreksi pajak yang muncul tiba-tiba saat pembahasan akhir tanpa didahului pemberitahuan dalam Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP) merupakan bentuk cacat prosedur yang fatal. PT TDASI menghadapi situasi ini ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) secara sepihak mereklasifikasi penyerahan ke Kawasan Bebas menjadi penyerahan yang harus dipungut PPN sendiri hanya karena masalah administrasi dokumen endorsement. Persengketaan ini mencakup isu krusial mengenai apakah kegagalan administratif pihak ketiga dapat membatalkan hak fasilitas pajak dan pengkreditan pajak masukan bagi Wajib Pajak yang telah patuh.
Inti konflik berpusat pada dua hal: tuntutan formalitas dokumen PPFTZ-03 dan validitas pengkreditan Pajak Masukan yang dikonfirmasi "tidak ada" oleh KPP (Kantor Pelayanan Pajak) lawan transaksi. DJP bersikeras bahwa tanpa dokumen endorsement fisik pada saat pemeriksaan, fasilitas PPN tidak dipungut tidak berlaku. Begitu pula dengan Pajak Masukan, DJP menggunakan instrumen tanggung jawab renteng karena lawan transaksi dianggap tidak melaporkan pajaknya. Namun, PT TDASI membela diri dengan menunjukkan bukti arus uang dan menyatakan bahwa kewajiban endorsement secara regulasi berada di tangan pembeli, bukan penjual.
Majelis Hakim memberikan resolusi yang berpihak pada kebenaran material. Hakim menegaskan bahwa ketiadaan dokumen endorsement di tangan penjual tidak menghapus fakta bahwa transaksi ke Kawasan Bebas benar terjadi. Terlebih lagi, Majelis menyoroti pelanggaran prosedur oleh DJP yang tidak memuat pos koreksi tersebut dalam SPHP. Terkait Pajak Masukan, Majelis merujuk pada ketentuan bahwa selama pembeli dapat membuktikan pembayaran PPN kepada penjual, maka hak pengkreditan tidak dapat dianulir hanya karena kelalaian penjual dalam melapor.
Implikasi dari putusan ini memperkuat perlindungan bagi Wajib Pajak terhadap kesewenang-wenangan prosedur pemeriksaan. Wajib Pajak tidak dapat dipersalahkan atas kegagalan sistem konfirmasi internal DJP selama bukti arus uang dan arus barang valid tersedia. Kesimpulannya, kekuatan bukti dokumen pembayaran bank dan kepatuhan pada prosedur formal menjadi kunci utama dalam memenangkan sengketa di Pengadilan Pajak.