Sengketa pembebanan biaya jasa intra-grup seringkali menjadi titik krusial dalam pemeriksaan pajak karena otoritas cenderung meragukan eksistensi dan manfaat ekonominya. Dalam kasus PT EI, Terbanding melakukan koreksi total atas biaya jasa yang dibayarkan kepada grup afiliasi dengan alasan kurangnya dokumen pendukung seperti timesheet karyawan pemberi jasa. Namun, Pemohon Banding berhasil meyakinkan Majelis Hakim bahwa jasa tersebut bersifat nyata dan memberikan nilai tambah bagi operasional perusahaan di Indonesia.
Inti konflik terletak pada perbedaan interpretasi terhadap bukti pendukung. Terbanding menuntut bukti administratif yang sangat detail, sementara Pemohon Banding menyajikan bukti substansi berupa hasil kerja (deliverables) dan korespondensi yang menunjukkan keterlibatan aktif grup dalam fungsi manajemen, IT, dan hukum. Majelis Hakim dalam pertimbangannya menyatakan bahwa eksistensi jasa telah terbukti dan Terbanding seharusnya melakukan analisis kesebandingan alih-alih melakukan koreksi seluruhnya (zeroing).
Resolusi dari Majelis Hakim memberikan kepastian hukum bahwa dokumentasi penetapan harga transfer (TP Doc) yang didukung dengan bukti korespondensi dan hasil kerja nyata merupakan alat bukti yang kuat. Putusan ini menegaskan bahwa pendekatan substansi di atas formalitas tetap dijunjung tinggi dalam pengujian transaksi hubungan istimewa.
Bagi Wajib Pajak, hal ini menjadi pelajaran penting untuk selalu mendokumentasikan setiap interaksi dan hasil kerja yang diterima dari pihak afiliasi sebagai mitigasi risiko koreksi di masa mendatang. Kesimpulannya, ketelitian dalam mengarsipkan bukti korespondensi dan output pekerjaan menjadi kunci utama dalam menghadapi pemeriksaan yang agresif.