Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi signifikan atas nilai pengalihan aset tetap berupa tanah, bangunan, dan mesin oleh PT KSM kepada pihak afiliasi dengan merujuk pada ketentuan Pasal 2 ayat (1) Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (UU PPN). Fokus utama sengketa ini adalah penggunaan nilai pasar wajar yang ditentukan secara sepihak oleh Fungsional Penilai Pajak, yang mengakibatkan pembengkakan DPP PPN secara drastis dibandingkan nilai transaksi yang disepakati berdasarkan laporan Kantor Jasa Penilai Publik (KJPP) independen.
Inti konflik ini berpusat pada perbedaan metodologi penilaian antara DJP dan PT KSM, serta ketidaksinkronan data antar unit kerja di lingkungan DJP. DJP bersikukuh menggunakan hasil penilaian internal dengan pendekatan biaya, sementara PT KSM menegaskan bahwa harga transaksi telah mencerminkan nilai pasar yang wajar sesuai arm’s length principle. Ketegangan meningkat ketika terungkap bahwa Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat lawan transaksi terdaftar menggunakan nilai yang berbeda untuk objek yang sama, menciptakan ketidakpastian hukum yang nyata bagi PT KSM.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan mengedepankan prinsip keadilan dan konsistensi administratif. Hakim berpendapat bahwa jika KPP di pihak pembeli telah menerima nilai transaksi tertentu, maka KPP di pihak penjual seharusnya melakukan penyesuaian yang selaras (correlative adjustment).
Majelis membatalkan sebagian besar koreksi atas mesin dan bangunan karena terbukti bahwa motif transaksi bukanlah penghindaran pajak (tax avoidance), melainkan restrukturisasi internal di mana kedua pihak merupakan Pengusaha Kena Pajak (PKP) dalam negeri yang taat. Namun, untuk objek tanah yang tidak didukung laporan KJPP spesifik, Majelis tetap mempertahankan koreksi berdasarkan nilai yang diakui oleh KPP tempat pembeli terdaftar.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa dokumentasi pendukung berupa laporan penilaian independen adalah syarat mutlak dalam transaksi afiliasi. Putusan ini juga menjadi preseden penting bahwa DJP tidak dapat menerapkan nilai yang berbeda-beda atas satu objek transaksi yang sama di dua KPP yang berbeda. Bagi Wajib Pajak, strategi pembelaan yang mengandalkan data pemeriksaan pada lawan transaksi (cross-check data) terbukti efektif dalam mematahkan argumen koreksi sepihak dari pemeriksa pajak.
Kesimpulannya, kepastian nilai dalam transaksi hubungan istimewa harus dimitigasi sejak awal melalui penilaian profesional yang kredibel. Putusan ini memberikan perlindungan hukum bagi Wajib Pajak dari penilaian otoritas yang bersifat subjektif, sepanjang Wajib Pajak dapat membuktikan transparansi dan konsistensi nilai transaksi di kedua belah pihak.