Direktorat Jenderal Pajak (DJP) kerap kali menggunakan pendekatan substansi ekonomi untuk menggugurkan biaya royalti dan jasa manajemen antar perusahaan dalam satu grup usaha. Dalam kasus PT MI, sengketa berfokus pada pembayaran royalti kepada entitas di Singapura yang dituding sebagai paper company. Isu sentralnya adalah apakah pembayaran tersebut merupakan biaya yang dapat dikurangkan sesuai Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU)/Arm's Length Principle atau sekadar skema pengalihan laba.
Konflik bermula ketika DJP melakukan koreksi total atas biaya royalti dan jasa manajemen dengan alasan bahwa penerima penghasilan, ACE Pte Ltd, tidak memiliki kapasitas fungsional. DJP berargumen merek tersebut secara historis dikembangkan di Indonesia. Di sisi lain, PT MI menunjukkan bukti sertifikat merek internasional dan perjanjian royalti yang sah, serta laporan transfer pricing yang mengonfirmasi bahwa margin keuntungan perusahaan masih berada dalam rentang kewajaran pasar.
Majelis Hakim memberikan resolusi yang berimbang. Terkait royalti, Majelis menilai bahwa selama kepemilikan hukum atas merek dapat dibuktikan dan memberikan manfaat perlindungan, maka royalti tersebut sah. Namun, untuk jasa manajemen, Majelis tetap mempertahankan koreksi karena PT MI gagal menyajikan bukti penyerahan jasa yang mendetail. Dokumen berupa email saja dianggap tidak cukup untuk membuktikan adanya manfaat ekonomi nyata bagi perusahaan.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa dokumentasi formal seperti sertifikat merek sangat krusial. Namun, untuk biaya jasa, Wajib Pajak tidak boleh lengah; bukti korespondensi semata tidak akan cukup jika tidak dibarengi dengan laporan kerja (deliverables) yang konkret. Kasus ini menjadi preseden penting bahwa pembuktian test of benefit untuk jasa manajemen memerlukan standar bukti yang jauh lebih tinggi daripada sekadar bukti administratif.