Mekanisme pengkreditan Pajak Masukan (PM) dalam sistem Pajak Pertambahan Nilai (PPN) seringkali menjadi fokus sengketa litigasi, terutama ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menengarai adanya Faktur Pajak (FP) yang tidak berdasarkan transaksi yang sebenarnya. Konflik ini, sebagaimana tercermin dalam Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-006035.16/2024/PP/M.IIIB Tahun 2025, merupakan pertarungan pembuktian antara hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan PM versus kewenangan DJP untuk menguji keabsahan materiil berdasarkan Pasal 9 ayat (8) huruf b Undang-Undang PPN. Penolakan pengkreditan PM sebesar Rp339.369.125,00 kepada PT SAC didasarkan pada temuan bahwa FP yang diterima Pemohon Banding tidak memenuhi syarat material, suatu condition yang secara regulasi dikenakan sanksi tidak dapat dikreditkan.
Inti konflik ini berpusat pada dualitas pembuktian. Di satu sisi, Pemohon Banding bersikukuh bahwa mereka telah memenuhi aspek formal dan bertindak dengan itikad baik; setiap transaksi didukung oleh bukti pemesanan (Purchase Order), penerimaan barang (Berita Acara Serah Terima), dan pembayaran yang sah melalui rekening bank. Di sisi lain, Terbanding mendasarkan koreksi pada hasil pengawasan yang menunjukkan ketidakpatuhan atau status fiktif dari PKP penjual/penerbit faktur, sehingga menganggap transaksi tersebut sebagai transaksi tidak sah secara substansi. DJP berargumen bahwa kegagalan PKP penjual menyetorkan PPN Keluaran yang seharusnya mengurangi hak Pemohon Banding untuk mengkreditkan PPN Masukan.
Dalam menengahi sengketa ini, Majelis Hakim Pengadilan Pajak menerapkan prinsip kebenaran materiil. Majelis tidak serta merta menolak semua argumen Terbanding, namun secara cermat menguji setiap dokumen pendukung yang disajikan oleh Pemohon Banding. Hasilnya, Majelis memutuskan untuk mengabulkan sebagian permohonan Banding. Keputusan ini menunjukkan bahwa untuk sebagian nilai PM, Pemohon Banding berhasil membuktikan adanya korelasi kuat antara arus barang, arus uang, and arus dokumen yang mendukung transaksi yang benar-benar terjadi, sehingga koreksi DJP dibatalkan untuk porsi tersebut. Namun, Majelis mempertahankan koreksi untuk sisa nilai sengketa karena bukti yang disajikan dinilai belum cukup meyakinkan untuk membuktikan keabsahan transaksi.
Implikasi dari putusan Kabul Sebagian ini sangat krusial bagi Wajib Pajak. Putusan ini menggarisbawahi bahwa di era E-Faktur, validitas formal saja tidak lagi menjadi perisai mutlak. Wajib Pajak harus siap menghadapi pemeriksaan yang tidak hanya menguji kebenaran formal, tetapi juga kebenaran materiil transaksi (substansi). Keputusan ini berfungsi sebagai pengingat keras bahwa dalam sengketa kredit pajak PPN, beban pembuktian yang kuat (strong evidence) berada di tangan Pemohon Banding, yang harus mampu membuktikan bahwa barang atau jasa telah benar-benar diperoleh dan digunakan dalam kegiatan usaha yang terutang PPN. Strategi litigasi Wajib Pajak harus berfokus pada penyajian dokumentasi transaksional yang tidak terbantahkan untuk memitigasi risiko penolakan pengkreditan Pajak Masukan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini