Sengketa perpajakan ini berfokus pada substansi hukum Pasal 13 ayat (5) UU PPN dan pertentangan hierarki regulasi antara Undang-Undang dengan peraturan di bawahnya seperti PER-24/PJ/2012 dan SE-26/PJ/2015. Inti konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan senilai Rp13.000.039 dengan dalih bahwa Faktur Pajak yang diterima Pemohon Banding diterbitkan sebelum tanggal surat pemberian Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) oleh DJP. Otoritas pajak bersikeras mengklasifikasikan faktur tersebut sebagai "Faktur Pajak Tidak Lengkap" yang secara otomatis menggugurkan hak pengkreditan bagi pembeli, terlepas dari fakta bahwa transaksi tersebut nyata dan PPN telah dibayar.
Pemohon Banding secara argumentatif membela diri dengan menekankan bahwa seluruh syarat formal dan material dalam Pasal 13 ayat (5) UU PPN telah terpenuhi. Kesalahan administratif berupa ketidaksinkronan tanggal NSFP merupakan kelalaian PKP Penjual yang berada di luar kendali pembeli. Lebih lanjut, Pemohon Banding mengajukan bukti pembayaran melalui rekening koran dan kuitansi sebagai bukti kepatuhan material, sehingga pengenaan sanksi berupa tidak dapat dikreditkannya Pajak Masukan dianggap sebagai beban yang tidak adil dan melanggar prinsip keadilan dalam perpajakan (Pasal 16F UU PPN).
Majelis Hakim memberikan resolusi yang sangat krusial terhadap kepastian hukum dengan menyatakan bahwa peraturan di bawah Undang-Undang (PER dan SE) tidak boleh menambahkan syarat baru yang membatasi hak Wajib Pajak jika syarat tersebut tidak diatur dalam level Undang-Undang. Hakim berpendapat bahwa selama identitas penjual, pembeli, barang, dan nilai pajak tercantum dengan benar, serta pembayaran dapat dibuktikan, maka hak pengkreditan adalah sah. Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa kebenaran material dan hierarki hukum harus diutamakan di atas formalitas administratif yang kaku. Kesimpulannya, pengkreditan Pajak Masukan tetap sah meskipun tanggal faktur mendahului tanggal NSFP, asalkan transaksi tersebut nyata.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini