Regulasi domestik mengenai penentuan harga transfer, sebagaimana diatur dalam Pasal 18 ayat (3) Undang-Undang Pajak Penghasilan (UU PPh), memberikan kewenangan kepada Direktorat Jenderal Pajak (DJP) untuk mengoreksi laba Wajib Pajak jika ditemukan transaksi yang dipengaruhi hubungan istimewa tidak mencerminkan harga wajar. Studi kasus Putusan yang melibatkan PT BEU ini, menjadi preseden penting yang menyoroti keharusan DJP untuk mematuhi Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU) secara ketat, khususnya dalam aspek analisis kesebandingan Metode CUP. Kasus ini berpusat pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak PPh Final Pasal 4 ayat (2) Masa Pajak Desember 2016 sebesar Rp4.933.932.305,00, yang seluruhnya bersumber dari koreksi harga jual (under-pricing) pada transaksi afiliasi.
Inti konflik dalam sengketa ini terletak pada validitas penggunaan pembanding internal oleh DJP. DJP mengklaim telah menerapkan Metode CUP dengan membandingkan harga jual PT BEU kepada afiliasi (PT IJ) dengan harga jual kepada pihak independen, yakni DB. Menurut DJP, harga jual yang lebih rendah kepada PT IJ menandakan adanya praktik penggeseran laba. Namun, PT BEU mengajukan keberatan fundamental. PT BEU berargumen bahwa transaksi dengan PT IJ adalah transaksi rutin dalam volume besar (49.356 kg) di mana PT IJ bertindak sebagai distributor utama, sehingga wajar mendapatkan harga grosir. Sebaliknya, transaksi dengan DB hanya bersifat insidental (3 kg) dan DB adalah end customer. Perbedaan fungsi, kuantitas, dan risiko ini merupakan faktor material yang menghilangkan kesebandingan kedua transaksi tersebut.
Majelis Hakim, dalam pertimbangan hukumnya, menerima argumentasi PT BEU. Majelis menilai bahwa DJP telah melakukan kekeliruan mendasar dalam pemilihan data pembanding, bertentangan dengan ketentuan Peraturan DJP Nomor PER-32/PJ/2011 yang mensyaratkan tingkat kesebandingan yang sangat tinggi untuk Metode CUP. Majelis secara tegas menyatakan bahwa transaksi yang bersifat insidental tidak dapat dijadikan pembanding untuk transaksi yang bersifat rutin, terlepas dari kemiripan produknya. Kegagalan DJP dalam membuktikan kesebandingan secara akurat menyebabkan Majelis menyimpulkan bahwa koreksi Transfer Pricing yang dilakukan tidak memenuhi Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha.
Resolusi hukum ini memiliki implikasi signifikan. Putusan ini menegaskan kembali bahwa dalam sengketa Transfer Pricing, aspek kualitatif dari analisis FAR (Fungsi, Aset, Risiko) adalah penentu utama, bukan semata-mata kuantitas perbedaan harga. Bagi Wajib Pajak, kemenangan ini memberikan penguatan bahwa dokumentasi TP yang solid, yang mampu menjelaskan secara rinci perbedaan kondisi transaksional (seperti diskon volume, peran sebagai distributor atau end customer, dan perbedaan risiko), adalah benteng pertahanan paling efektif terhadap koreksi DJP. Putusan ini juga menjadi peringatan bagi otoritas pajak bahwa penerapan koreksi harus didukung oleh metodologi dan data yang secara hukum benar-benar sebanding dan wajar.