Ekualisasi peredaran usaha antara SPT PPh Badan dan SPT PPN sering kali menjadi pintu masuk bagi pemeriksa pajak untuk menetapkan kurang bayar secara sepihak. Sengketa antara PT JPSI dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menegaskan bahwa selisih angka hasil rekonsiliasi bukanlah bukti absolut adanya penyerahan yang belum dilaporkan, melainkan indikator awal yang harus diuji melalui validasi arus dokumen dan prinsip accrual basis.
Konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi DPP PPN sebesar Rp14.735.655.857 atas Masa Pajak Desember 2018. Dasar koreksi ini adalah hasil ekualisasi di mana terdapat nilai penjualan dalam SPT PPh Badan yang lebih besar dibandingkan nilai penyerahan dalam SPT PPN. Terbanding berpendapat bahwa setiap selisih positif dianggap sebagai penyerahan barang yang PPN-nya belum dipungut. Namun, PT JPSI memberikan bantahan keras dengan menunjukkan bahwa selisih tersebut hanyalah timing difference. Perusahaan menjelaskan bahwa mereka telah menerima uang muka (down payment) pada masa-masa pajak sebelumnya dan telah menerbitkan Faktur Pajak saat uang muka diterima sesuai regulasi. Secara akuntansi, pendapatan tersebut baru diakui di PPh Badan pada bulan Desember saat barang dikirimkan, sementara PPN-nya sudah lunas dilaporkan jauh sebelum Desember 2018.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya sepakat dengan argumentasi Wajib Pajak. Majelis menekankan bahwa ekualisasi adalah metode pengujian, bukan dasar pengenaan pajak itu sendiri. Melalui pemeriksaan bukti berupa Buku Besar, Faktur Pajak, dan arus piutang, terbukti bahwa tidak ada penyerahan yang nyata-nyata belum dipungut PPN-nya. Majelis menilai bahwa Wajib Pajak telah patuh menjalankan Pasal 11 UU PPN yang mewajibkan pemungutan pajak pada saat diterimanya pembayaran, meskipun penyerahan barang secara fisik baru terjadi kemudian.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi pelaku industri manufaktur bahwa pembukuan yang rapi dan penatausahaan dokumen down payment adalah kunci dalam menghadapi audit pajak. Kemenangan PT JPSI membuktikan bahwa prinsip substansi mengungguli bentuk (substance over form) dalam membuktikan kebenaran materiil suatu transaksi penyerahan barang.
Kesimpulannya, selisih ekualisasi dapat dianulir sepenuhnya apabila Wajib Pajak mampu mendemonstrasikan rekonsiliasi matematis yang didukung bukti arus barang dan arus uang yang sinkron. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa Majelis Hakim lebih mengutamakan bukti konkret di lapangan dibandingkan sekadar asumsi angka dari hasil perbandingan dua laporan pajak yang berbeda karakter pengakuannya.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini