Sengketa antara PT HI dengan Direktur Jenderal Pajak (DJP) di Pengadilan Pajak menggarisbawahi kompleksitas dalam penerapan mekanisme ini, khususnya ketika PPN tersebut telah disetor namun hak pengkreditan PPN Masukan yang timbul dari penyetoran tersebut menjadi permasalahan kunci. Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-012000.16/2019/PP/M.IIIA Tahun 2022 memberikan preseden penting mengenai validitas penyetoran dan syarat formal pengkreditan PPN.
DJP menerbitkan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) karena menganggap PPN atas pemanfaatan merek (BKP Tidak Berwujud) ini belum disetor. DJP berpegang pada bukti pembayaran royalti yang terungkap dalam Laporan Auditor Independen sebagai dasar koreksi, sesuai Pasal 4 huruf d UU PPN dan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 40/PMK.03/2010.
Pemohon Banding membantah koreksi DJP dengan menyajikan bukti penyetoran PPN terutang. Dengan diterimanya bukti penyetoran ini, sengketa beralih fokus: bukan lagi soal terutang atau tidaknya PPN, melainkan soal apakah PPN yang telah disetor tersebut memenuhi syarat untuk dikreditkan sebagai PPN Masukan oleh Wajib Pajak.
Majelis menerima bukti penyetoran PPN oleh Pemohon Banding. Namun, saat menguji hak pengkreditan PPN Masukan, Majelis berpendapat bahwa PPN Masukan tersebut tidak seluruhnya memenuhi kriteria Pasal 13 ayat (5) dan (6) UU PPN untuk dapat dikreditkan. Setelah melakukan perhitungan ulang berdasarkan ketentuan perpajakan, Majelis memutuskan untuk mengabulkan sebagian permohonan Pemohon Banding, yang berarti koreksi DJP dipertahankan sebagian dengan nilai yang lebih rendah.
Penyetoron PPN Pemanfaatan BKP Tidak Berwujud saja tidak secara otomatis menjamin nihilnya PPN Kurang Bayar. Wajib Pajak harus memastikan PPN Masukan yang timbul dari penyetoran tersebut juga memenuhi seluruh kriteria pengkreditan formal maupun material yang diatur dalam Undang-Undang PPN. Hal ini menegaskan bahwa Wajib Pajak yang melakukan transaksi afiliasi (royalti) harus memperhatikan kepatuhan berlapis: kewajiban PPN Pemanfaatan Luar Negeri dan hak pengkreditan PPN Masukan harus dipenuhi secara simultan. Keputusan Pengadilan Pajak ini memberikan penegasan bahwa dalam sengketa PPN JLN, fokus pemeriksaan tidak hanya pada kewajiban penyetoran, tetapi juga pada pemenuhan syarat pengkreditan PPN Masukan. Wajib Pajak dengan transaksi afiliasi harus memastikan integritas dokumentasi, tidak hanya untuk tujuan Transfer Pricing, tetapi juga untuk kepatuhan PPN agar PPN yang telah dibayar tidak tereliminasi dari hak pengkreditan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini