Sengketa pajak ini berpusat pada koreksi Pajak Masukan sebesar Rp54.204.789,00 yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) terhadap JO karena penggunaan Faktur Pajak yang dianggap tidak lengkap. DJP mendalilkan bahwa Faktur Pajak tersebut cacat secara formal karena tanggal penerbitannya mendahului tanggal pemberian Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) dari otoritas pajak kepada PKP Penjual. Dasar hukum utama yang digunakan DJP adalah PER-24/PJ/2012 dan SE-26/PJ/2015, yang menegaskan bahwa faktur yang diterbitkan sebelum tanggal NSFP adalah Faktur Pajak tidak lengkap yang tidak dapat dikreditkan oleh pembeli.
JO selaku Pemohon Banding mengajukan bantahan keras dengan argumen bahwa transaksi tersebut adalah nyata (materialitas terpenuhi) dan didukung oleh arus uang serta barang yang valid. Pemohon menegaskan bahwa sebagai pembeli, mereka tidak memiliki akses terhadap informasi rahasia mengenai kapan seorang penjual mendapatkan jatah NSFP dari KPP. Lebih lanjut, Pemohon menyoroti bahwa instruksi dalam SE-26/PJ/2015 tidak dapat berlaku surut untuk transaksi tahun 2014 dan secara hirarki tidak boleh bertentangan dengan UU PPN yang menjamin hak pengkreditan selama syarat formal Pasal 13 ayat (5) terpenuhi.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi dengan berpihak pada Pemohon Banding. Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis menyatakan bahwa ketentuan dalam PER-24/PJ/2012 yang mengatur pembatasan pengkreditan berdasarkan tanggal NSFP merupakan "norma baru" yang tidak diperintahkan oleh UU PPN. Sesuai UU Nomor 12 Tahun 2011, peraturan setingkat Direktur Jenderal tidak boleh melampaui atau menambah norma yang ada dalam Undang-Undang. Majelis menekankan bahwa selama Faktur Pajak mencantumkan keterangan sesuai Pasal 13 ayat (5) UU PPN dan transaksi tersebut benar-benar terjadi, maka hak pembeli untuk mengkreditkan Pajak Masukan harus dilindungi.
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan karena menegaskan prinsip bahwa PKP Pembeli tidak memikul tanggung jawab renteng atas kesalahan administratif penjual terkait NSFP. Putusan ini memperkuat kepastian hukum bahwa pengujian formal tidak boleh mengabaikan kebenaran materiil (substance over form). Bagi wajib pajak, kasus ini menjadi preseden kuat untuk melawan koreksi serupa yang hanya mendasarkan pada aturan administratif internal DJP tanpa pijakan kuat di level Undang-Undang. Kesimpulannya, hak pengkreditan Pajak Masukan adalah hak konstitusional wajib pajak yang tidak dapat dianulir hanya karena kendala sistemik di pihak penerbit faktur.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini