Sengketa ini bermula dari koreksi Terbanding atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Desember 2018 sebesar Rp5.989.356.138,00 yang didasarkan pada pengujian kewajaran harga jual (Transfer Pricing) atas komoditas biji kopi (green bean) kepada pihak afiliasi. Terbanding menggunakan metode Comparable Uncontrolled Price (CUP) dengan asumsi bahwa kualitas barang yang dijual ke afiliasi identik dengan pihak independen, sehingga terdapat kekurangan pungutan PPN Keluaran akibat harga jual yang dianggap di bawah nilai pasar wajar.
Konflik utama terletak pada perbedaan metodologi dan interpretasi karakteristik barang; di mana Terbanding bersikeras menggunakan CUP internal, sementara Pemohon Banding menerapkan Transactional Net Margin Method (TNMM) dengan argumen bahwa terdapat perbedaan signifikan pada tingkat kecacatan (defect), kadar air, dan asal kebun antara kopi untuk afiliasi dan independen. Pemohon Banding juga menekankan bahwa transaksi dilakukan antar-Wajib Pajak dalam negeri dengan tarif pajak yang sama, sehingga tidak terdapat motif pengalihan laba (profit shifting) sebagaimana diatur dalam PER-32/PJ/2011.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya menyatakan bahwa koreksi PPN ini merupakan koreksi atribusi dari sengketa PPh Badan yang telah diputuskan sebelumnya. Hakim menilai Terbanding gagal membuktikan tingkat kesebandingan yang tinggi (high degree of comparability) yang disyaratkan untuk metode CUP dan mengabaikan fakta perbedaan kualitas barang yang diajukan Pemohon Banding. Secara yuridis, karena koreksi pada peredaran usaha PPh Badan telah dibatalkan, maka secara otomatis koreksi DPP PPN atas transaksi yang sama tidak memiliki dasar hukum yang kuat untuk dipertahankan.
Implikasi dari putusan ini menegaskan pentingnya konsistensi antara sengketa PPh dan PPN dalam kasus Transfer Pricing. Kemenangan PT SJA menunjukkan bahwa dokumentasi yang kuat mengenai karakteristik spesifik produk dan pembuktian ketiadaan motif tax avoidance dalam transaksi domestik menjadi kunci utama dalam memenangkan litigasi perpajakan di Pengadilan Pajak.
Majelis Hakim mengabulkan seluruhnya banding Pemohon Banding karena koreksi Terbanding tidak didukung bukti kesebandingan yang andal dan merupakan ekses dari koreksi PPh Badan yang telah dibatalkan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini