Kepastian hukum merupakan pilar utama dalam sistem perpajakan self-assessment di Indonesia. Dalam kasus sengketa PPh Badan PT SI tahun pajak 2014, kegagalan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mematuhi tenggat waktu prosedural mengakibatkan pembatalan total atas koreksi peredaran usaha senilai Rp4.373.790.250,00 yang sebelumnya ditetapkan melalui analisis transfer pricing yang kompleks.
Inti konflik teknis dalam perkara ini sebenarnya melibatkan perdebatan metodologi transfer pricing yang mendalam. DJP melakukan koreksi dengan mengubah indikator laba (PLI) dari Operating Margin (OM) menjadi Return on Total Cost (ROTC), dengan asumsi bahwa perusahaan manufaktur kontrak lebih tepat diuji berdasarkan total biaya yang dikeluarkan. Di sisi lain, PT SI bertahan pada penggunaan OM yang telah konsisten diterapkan, serta menuntut penggunaan data beberapa tahun (multiple years) untuk menetralisir anomali pasar, sesuai dengan standar OECD Guidelines.
Namun, resolusi perkara ini tidak ditentukan oleh debat teknis tersebut. Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan perhatian serius pada aspek formalitas penerbitan Surat Keputusan Keberatan. Berdasarkan fakta persidangan, surat keberatan PT SI disampaikan tanggal 29 Agustus 2018, namun keputusan baru diterbitkan pada 29 Agustus 2019. Majelis Hakim berpendapat bahwa DJP telah melampaui batas waktu 12 bulan yang diamanatkan oleh Pasal 26 ayat (1) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP).
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan. Berdasarkan Pasal 26 ayat (5) UU KUP, apabila jangka waktu 12 bulan terlampaui tanpa keputusan, maka keberatan Wajib Pajak dianggap dikabulkan demi hukum. Majelis Hakim akhirnya mengabulkan seluruh banding PT SI tanpa perlu menguji lebih lanjut substansi harga transfernya. Kasus ini menjadi pengingat keras bagi DJP mengenai pentingnya disiplin administrasi, sekaligus memberikan perlindungan hukum bagi Wajib Pajak terhadap ketidakpastian durasi penyelesaian sengketa di tingkat keberatan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini