Sengketa pemanfaatan fasilitas Pajak Pertambahan Nilai tidak dipungut berdasarkan Pasal 16B UU PPN seringkali berpusat pada pemenuhan syarat administratif formal. Dalam perkara PT EI, Terbanding melakukan koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) atas penyerahan kepada Pengusaha Kawasan Berikat karena keraguan validitas status subjek penerima fasilitas.
Inti konflik ini bermula ketika otoritas pajak mereklasifikasi penyerahan dengan Kode Faktur 070 (fasilitas tidak dipungut) menjadi Kode Faktur 010 (dipungut sendiri). Terbanding berargumen bahwa tidak terdapat bukti yang meyakinkan bahwa lawan transaksi, PT Apical Kao Chemicals, merupakan penyelenggara atau pengusaha di Kawasan Berikat yang berhak menerima fasilitas sesuai PP Nomor 32 Tahun 2009.
Majelis Hakim melakukan uji bukti secara mendalam dan menemukan fakta otentik berupa Keputusan Menteri Keuangan Nomor KM-06/WBC.03/2019 yang menetapkan lawan transaksi sebagai Pengusaha Kawasan Berikat. Majelis berpendapat bahwa secara substansi dan formal, penyerahan memenuhi kriteria fasilitas PPN tidak dipungut. Oleh karena itu, koreksi Terbanding dinyatakan tidak memiliki dasar hukum yang kuat dan harus dibatalkan.
Putusan ini menegaskan pentingnya dokumentasi legalitas lawan transaksi dalam rantai pasokan. Meskipun sistem data internal otoritas pajak mungkin belum terupdate, keberadaan bukti fisik berupa Keputusan Menteri Keuangan menjadi bukti krusial yang tidak dapat diabaikan. Keadilan substansial tetap diutamakan selama syarat-syarat administratif dapat dibuktikan secara nyata.
Dapat disimpulkan bahwa ketelitian dalam menyimpan arsip salinan izin fasilitas lawan transaksi merupakan strategi preventif yang sangat berharga guna mematahkan asumsi otoritas pajak yang didasarkan pada keterbatasan data sistem.